Amasya Üniversitesi, 17 Mart 2006 tarihinde 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 5467 Sayılı Kanun ile Amasya’da kurulmuş bir devlet üniversitesidir. Üniversite, genç olmasına rağmen köklü bir akademik geçmişe sahiptir. Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne bağlı olarak faaliyet gösteren Amasya Eğitim Fakültesi (1974-1975), Amasya Meslek Yüksekokulu (1975-1976), Amasya Sağlık Yüksekokulu (1992-1993) ve Merzifon Meslek Yüksekokulu’nun (1991-1992) temelleri üzerinde kurulmuş olan Amasya Üniversitesi, uzun yıllara dayanan yükseköğretim deneyimine sahip bir kurumdur.
Üniversite, deneyimli ve dinamik öğretim kadrosuyla ulusal ve uluslararası düzeyde saygınlığa sahiptir. Bölgesiyle, sanayisiyle, sivil toplum örgütleriyle ve diğer paydaşlarıyla bütünleşmiş bir yapıya sahiptir. Yeniliklere açık ve çağdaş bir üniversite olma amacıyla "Marka Kentin Marka Üniversitesi" olma hedefiyle ilerlemektedir. "Hep Birlikte Daha İleriye..." sloganıyla kısa sürede önemli mesafeler kaydetmiştir.
Amasya Üniversitesi'nde öğrenen organizasyon modeli benimsenmiş olup, kalite odaklı bir yönetişim sistemi ile katılımcı bir anlayış hâkimdir. Bu çerçevede kurumsal değerler inşa edilmekte ve uluslararası standartlarda bir üniversite olma hedefi güdülmektedir. Eğitim ve araştırma politikaları ulusal politikalarla uyumlu bir biçimde ülkeye en yüksek yararı sağlayacak şekilde kurgulanmaktadır. Eğitim programları, araştıran, sorgulayan, eleştiren, sorumluluk sahibi, inisiyatif kullanabilen ve empati yeteneği gelişmiş bireyler yetiştirmeyi amaçlamaktadır.
Amasya Üniversitesi'nin misyonu, temel alan yeterliliklerine sahip, analitik düşünen, araştırmacı, girişimci ve değerlerine bağlı nitelikli bireyler yetiştirmek ve bilimin ışığında paydaşlarına üst düzeyde hizmet sunmaktır. Üniversitenin vizyonu ise, eğitim-öğretim faaliyetlerinde nitelik, araştırma-geliştirme çalışmalarında yenilik, sunulan her türlü hizmette ise paydaş memnuniyetini gözeten bir üniversite olmaktır.