Boğaziçi Üniversitesi, lisans, yüksek lisans ve doktora düzeyinde geniş bir yelpazede akademik programlar sunan bir eğitim sistemine sahiptir. Lisans programları genellikle dört yıl sürmekte olup, eğitim dili büyük ölçüde İngilizcedir. Her lisans programı, zorunlu dersler, alan seçmeli dersler ve serbest seçmeli dersler olmak üzere üç ana kategoriden oluşur. Zorunlu dersler, öğrencinin alanında temel bilgileri ve becerileri kazanmasını sağlarken, alan seçmeli dersler belirli bir konuda derinlemesine bilgi edinme olanağı sunar. Serbest seçmeli dersler ise öğrencilerin ilgi duydukları farklı disiplinlerden dersler alarak geniş bir bakış açısı kazanmalarına yardımcı olur. Yüksek lisans programları genellikle iki yıl sürmekte olup, tezli ve tezsiz seçenekleri ile öğrencilere derinlemesine bilgi ve araştırma yapma becerileri kazandırmayı hedefler. Doktora programları ise dört ila altı yıl sürer ve yoğun bir araştırma süreci ile özgün bir tez çalışmasını kapsar.
Boğaziçi Üniversitesi'nde değerlendirme sistemi, ara sınavlar, ödevler, projeler, laboratuvar çalışmaları ve final sınavları gibi çeşitli yöntemleri içermektedir. Not sistemi 4.00 üzerinden hesaplanır ve harf notlarıyla (A, B, C, D, F) belirlenir. Akademik yıl, güz ve bahar dönemleri olmak üzere iki ana döneme ayrılır ve her dönem yaklaşık 14 hafta sürer. Yaz dönemi ise öğrencilerin derslerini tamamlamaları veya ek dersler almaları için ek bir fırsat sunar. Üniversite, öğrencilerin akademik ve kişisel gelişimlerine destek olmak amacıyla çeşitli danışmanlık hizmetleri sunmaktadır. Her öğrenciye, kayıt olduğu bölümden bir akademik danışman atanır ve bu danışman, öğrencinin ders seçimleri ve akademik planlaması konusunda rehberlik eder. Ayrıca, üniversite bünyesinde kariyer danışmanlığı, psikolojik danışmanlık ve rehberlik hizmetleri de sunulmaktadır.