Fenerbahçe Üniversitesi, eğitim sistemini öğrencilerin akademik ve kişisel gelişimini destekleyecek şekilde yapılandırmıştır. Üniversite, lisans, yüksek lisans ve doktora programları sunarak geniş bir akademik yelpaze sağlamaktadır. Lisans eğitiminde öğrenciler, teorik bilgi ve uygulamalı becerilerle donatılmakta olup, çeşitli zorunlu ve seçmeli dersler sunulmaktadır. Öğrenciler, eğitimleri boyunca laboratuvar çalışmaları, stajlar ve proje bazlı öğrenim süreçlerine dahil olurlar. Lisans eğitim süresi genellikle dört yıl olup, bazı programlar daha uzun olabilir.
Yüksek lisans ve doktora programları, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü tarafından yönetilmektedir. Tezli ve tezsiz yüksek lisans programları ile doktora programları sunulmakta olup, bu programlar öğrencilerin araştırma ve akademik yazım becerilerini geliştirmeyi hedeflemektedir. Tezli yüksek lisans programları, öğrencilerin belirli bir konuda derinlemesine araştırma yapmalarını gerektirirken, tezsiz yüksek lisans programları daha çok pratik ve uygulamaya yönelik bilgi sağlar. Doktora programları ise ileri düzeyde araştırma yapma ve akademik alanda katkıda bulunma yeteneklerini geliştirmeye odaklanır.