Köklü bir geçmişe sahip olan Fırat Üniversitesi, eğitim-öğretim hizmetine zengin bir kültür hayatı bulunan Elazığ’da başlamıştır. Üniversite, Elazığ’ın ilçeleri başta olmak üzere, Bingöl, Muş ve Tunceli illeri ile Erzincan’ın Kemaliye ilçesinde yükseköğretim kurumları açarak ve lisansüstü faaliyetleri ile üniversitelere eleman yetiştirerek Doğu ve Güneydoğu Anadolu’da yükseköğretimin gelişimine önemli katkı sağlamıştır.
Elazığ’da yükseköğretim, 1967 yılında açılan Yüksek Teknik Okul ile başlamıştır. Aynı yıl içerisinde Ankara Üniversitesi Senatosu'nun Elazığ’da Veteriner Fakültesi kurulmasını öngören kararı, Milli Eğitim Bakanlığı tarafından onaylanmıştır. Yüksek Teknik Okul, 1969 yılında Elazığ Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi (EDMMA)’ne dönüştürülmüş ve Veteriner Fakültesi de 1970 yılında Ankara Üniversitesi'ne bağlı olarak eğitim-öğretime başlamıştır.
Elazığ’daki yükseköğretim kurumları, 11 Nisan 1975’de “Fırat Üniversitesi” adıyla tek bir çatı altında toplanmış ve Veteriner Fakültesi, Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakülteleri ile faaliyetlerine başlamıştır. EDMMA ise Mühendislik Fakültesi'ne dönüştürülmüş ve 1982 yılında kurulan Tıp Fakültesi ile birlikte üniversite bünyesinde yer almıştır.
1975 yılına kadar olan süreçte, 1967'de Yüksek Teknik Okul ve Veteriner Fakültesi, 1969'da EDMMA (Yüksek Teknik Okul yerine), 1975'te Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakültesi kurulmuştur. 1982 yılına gelindiğinde, Mühendislik Fakültesi (EDMMA yerine), Tıp Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi, Su Ürünleri Yüksekokulu (1992 yılında Su Ürünleri Fakültesi'ne dönüştürüldü) kurulmuştur.
1983 yılında Fen Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Bingöl Meslek Yüksekokulu, Tunceli Meslek Yüksekokulu ve Elazığ Meslek Yüksekokulu faaliyete geçmiştir. 1987 yılında Bingöl Hayvan Sağlığı Yüksekokulu ve Muş Meslek Yüksekokulu eklenmiştir. 1990 yılında Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.
1992 yılında Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu (Elazığ Meslek Yüksekokulu yerine) ve Keban Süleyman Demirel Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. 1993 yılında İlahiyat Fakültesi, 1995 yılında Elazığ Organize Sanayi Bölgesi Maden Meslek Yüksekokulu (Maden Meslek Yüksekokulu yerine) ve Sivrice Meslek Yüksekokulu, 1996 yılında Elazığ Sağlık Yüksekokulu ve Kemaliye Hacı Ali Akın Meslek Yüksekokulu eklenmiştir.
1997 yılında Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Devlet Konservatuvarı, Eğitim Fakültesi ve İletişim Fakültesi kurulmuştur. 1998 yılında Muş Eğitim Fakültesi ve 2001 yılında Muş Malazgirt Meslek Yüksekokulu eklenmiştir. 2006 yılında Bingöl Ziraat Fakültesi ve Tunceli İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi eklenmiş, 2008 yılında Bingöl Meslek Yüksekokulu, Bingöl Ziraat Fakültesi ve Bingöl Hayvan Sağlığı Yüksekokulu Bingöl Üniversitesi'ne; Kemaliye Hacı Ali Akın Meslek Yüksekokulu Erzincan Üniversitesi'ne; Muş Meslek Yüksekokulu, Muş Eğitim Fakültesi ve Malazgirt Meslek Yüksekokulu Muş Üniversitesi'ne; Tunceli Meslek Yüksekokulu ve Tunceli İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Tunceli Üniversitesi'ne devredilmiştir.
2009 yılında İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Teknoloji Fakültesi (Teknik Eğitim Fakültesi kapatılarak) kurulmuştur. 2010 yılında Karakoçan Meslek Yüksekokulu ve Kovancılar Meslek Yüksekokulu; 2011 yılında Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Mimarlık Fakültesi, Baskil Meslek Yüksekokulu ve Yabancı Diller Yüksekokulu; 2013 yılında Diş Hekimliği Fakültesi; 2014 yılında Spor Bilimleri Fakültesi (Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu yerine) ve Sivil Havacılık Yüksekokulu; 2015 yılında ise Sağlık Bilimleri Fakültesi (Elazığ Sağlık Yüksekokulu yerine) kurulmuştur.