Hakkari Üniversitesi, eğitim sisteminde öğrenci merkezli bir yaklaşım benimsemektedir. Üniversite, lisans, yüksek lisans ve doktora düzeyinde çeşitli programlar sunarak, öğrencilere geniş bir akademik yelpaze sunmaktadır. Öğrencilerin teorik bilgi yanında pratik deneyim kazanmalarını sağlamak amacıyla, dersler laboratuvar çalışmaları, staj ve saha uygulamaları ile desteklenmektedir. Eğitim dili ağırlıklı olarak Türkçe olup, bazı programlarda İngilizce dersler de verilmektedir. Akademik takvim, güz ve bahar yarıyılları olmak üzere iki dönemden oluşmakta, her yarıyıl ders ve sınav dönemlerini kapsamaktadır. Öğrencilerin derslere devam zorunluluğu bulunmakta ve başarı değerlendirmeleri, ara sınavlar, ödevler, projeler ve final sınavları üzerinden yapılmaktadır. Hakkari Üniversitesi, ayrıca uzaktan eğitim ve yaz okulu imkanları da sunarak, öğrencilere esnek öğrenme fırsatları sağlamaktadır. Bu sistem, öğrencilerin eğitimlerini planlamalarına ve kişisel gelişimlerine katkıda bulunacak şekilde tasarlanmıştır.