Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi'nde eğitim sistemi, öğrencilere disiplinler arası bir bakış açısı kazandırmayı ve onları alanlarında yetkin bireyler olarak yetiştirmeyi hedeflemektedir. Üniversitede, lisans, yüksek lisans ve doktora programları sunulmakta olup, her bir program alanında uzman akademik kadro tarafından yürütülmektedir. Eğitim öğretim süreci, teorik derslerin yanı sıra uygulamalı çalışmalar, laboratuvar deneyleri, proje bazlı öğrenme ve staj imkanları ile desteklenmektedir. Öğrencilere, araştırma yapma ve akademik yayınlarda bulunma fırsatları tanınarak bilimsel gelişimlerine katkıda bulunulmaktadır. Ayrıca, üniversitede öğrenci merkezli bir yaklaşım benimsenmekte ve her öğrencinin bireysel yeteneklerini ve ilgi alanlarını geliştirebileceği çeşitli kulüp ve sosyal etkinlikler düzenlenmektedir. Eğitim süreci boyunca, öğrencilere sürekli olarak rehberlik hizmetleri sunulmakta ve kariyer planlama konusunda destek sağlanmaktadır. Üniversitenin eğitim sistemi, öğrencilerin hem akademik hem de kişisel gelişimlerini en üst düzeye çıkarmayı amaçlamaktadır.