Kastamonu Üniversitesi'nde eğitim sistemi, öğrenci merkezli bir yaklaşımla yapılandırılmıştır. Üniversite, öğrencilerin teorik bilgilerini pratiğe dönüştürebilmeleri için çeşitli olanaklar sunar. Eğitim sürecinde, derslerin yanı sıra laboratuvar çalışmaları, stajlar ve saha uygulamaları önemli yer tutar. Ayrıca, öğrencilerin bilimsel araştırma yapabilmeleri için gerekli altyapı ve destek sağlanmaktadır.
Üniversitenin farklı fakültelerinde verilen dersler, ulusal ve uluslararası standartlara uygun olarak tasarlanmıştır. Akademik kadro, alanlarında uzman ve deneyimli öğretim üyelerinden oluşur. Eğitim dili Türkçe olmakla birlikte, bazı bölümlerde İngilizce hazırlık eğitimi de sunulmaktadır. Bunun yanı sıra, İlahiyat Fakültesi'nde zorunlu Arapça hazırlık eğitimi verilmektedir.
Kastamonu Üniversitesi, çift ana dal ve yan dal programları ile öğrencilere farklı alanlarda uzmanlaşma imkânı sunar. Bu programlar, öğrencilerin ilgi duydukları ve kariyer planlarına uygun alanlarda ikinci bir diploma veya sertifika almalarını sağlar. Uzaktan eğitim uygulamaları da üniversitenin eğitim sistemi içinde önemli bir yer tutar ve bu sayede öğrenciler, mekân ve zaman kısıtlaması olmaksızın eğitimlerine devam edebilirler.