Lefke Avrupa Üniversitesi'nin eğitim sistemi, Avrupa Kredi Transfer Sistemi (ECTS) temelli olup, öğrenci odaklı bir yaklaşıma sahiptir. Bu sistem, öğrencilere uluslararası standartlarda eğitim alma ve aldıkları eğitimi farklı ülkelerde tanıma imkanı sunar. Eğitim programları, öğrenci iş yüküne göre kredilendirilmiş derslerden oluşur ve hem lisans hem de lisansüstü seviyelerde geniş bir yelpazeye sahiptir.
Üniversitede, Mühendislik, Sağlık Bilimleri, Hukuk, Eğitim, İktisadi ve İdari Bilimler, Fen-Edebiyat, İletişim Bilimleri, Diş Hekimliği, Tarım Bilimleri ve Teknolojileri, Tıp ve Eczacılık fakülteleri bulunmaktadır. Ayrıca, Uygulamalı Bilimler, Hemşirelik, Beden Eğitimi ve Spor, Turizm ve Otelcilik yüksekokulları ile çeşitli meslek yüksekokulları da mevcuttur.
Lisans programları genellikle dört yıl sürmekte olup, öğrenciler teorik bilgi ve pratik becerileri bir arada edinmektedir. Lisansüstü programlar ise tezli ve tezsiz seçeneklerle sunulmakta ve öğrencilerin araştırma becerilerini geliştirmelerine olanak tanımaktadır. Tezli yüksek lisans programları 21 kredilik yedi ders, bir seminer ve bir tezden oluşurken, tezsiz yüksek lisans programları 30 kredilik on ders ve bir projeden oluşur.