Mardin Artuklu Üniversitesi'nde eğitim sistemi, öğrencilere disiplinler arası bir eğitim deneyimi sunmayı amaçlamaktadır. Lisans, yüksek lisans ve doktora programları ile geniş bir akademik yelpaze sunan üniversite, öğrencilerin teorik bilgilerini pratiğe dökebilmeleri için çeşitli uygulamalı dersler ve laboratuvar olanakları sağlamaktadır. Eğitim-öğretim faaliyetleri, öğrencilerin analitik düşünme, problem çözme ve araştırma becerilerini geliştirmeyi hedefleyen müfredatlar ile desteklenmektedir. Ayrıca, üniversite bünyesinde yer alan çeşitli araştırma merkezleri ve projeler, öğrencilere akademik kariyerlerinde daha ileri düzeyde çalışmalar yapma imkânı sunmaktadır. Eğitim sürecinde öğrencilerin bireysel gelişimlerine katkıda bulunmak amacıyla seminerler, konferanslar ve atölye çalışmaları düzenlenmektedir. Öğrencilerin ulusal ve uluslararası değişim programlarına katılımı teşvik edilerek, farklı kültürler ve akademik ortamlarla etkileşimde bulunmaları sağlanmaktadır.