Mudanya Üniversitesi, halen üniversitenin Mütevelli Heyeti Başkanı olarak da görev yapmakta olan Gıyasettin Bingöl'ün, Bursa'ya bir vakıf üniversitesi kazandırma hedefi doğrultusunda kurulmuştur. Bu hedefle 4 Şubat 2017 tarihinde Bursa Eğitim ve Kültür Vakfı'nın kuruluşu resmi gazetede ilan edilmiştir. Vakıf, 2017-2019 döneminde Bursa’da çeşitli sivil ve resmi kurumlarla "Nasıl bir Üniversite" sorusuna yanıt arayan sayısız arama konferansı düzenlemiştir. Bu konferanslardan elde edilen bilgi ve talepler doğrultusunda 2019 yılında Mudanya Üniversitesi'nin inşaatına başlanmış ve 11 Mart 2022 tarihinde TBMM'den oy birliği ile kabul edilen yasa ile üniversitenin kuruluşu resmileşmiştir.
Mudanya Üniversitesi'nin misyonu, insanlığın karşılaştığı yerel, ulusal, bölgesel ve küresel sorunlara evrensel insani değerleri temel alan bir yaklaşımla sürdürülebilir çözümler üretebilen, uzmanlık alanlarında bireysel ve profesyonel yetkinliklere sahip öğrenciler yetiştirmektir. Üniversite, ayrıca, yüksek etkili araştırma sonuçlarına sahip, toplumsal sorunlara insan odaklı ve yenilikçi çözümler üreten, ürettiği bilgiyi topluma her boyutta aktarabilen, reel sektör iş birlikleri ve araştırma-geliştirme projeleri ile bilgiyi uygulayan ve teknolojiye dönüştüren dünya standartlarında bir araştırma üniversitesi olmayı da misyon edinmiştir.
Mudanya Üniversitesi'nin vizyonu ise, yüksek standartlarda donanıma sahip, yeşillikler arasında, şehrin gürültüsünden izole ancak şehre yakın bir kampüste öğrencilere ihtiyaç duydukları her türlü imkânı sunmak, geleceğe umutla bakan, kariyerinde sağlam adımlarla yürüyen, topluma katkı sağlayan, hayat boyu eğitim bilincini benimsemiş ve geniş vizyona sahip bir nesil yetiştirmektir. Akademik planlama, öğrencilerin yalnızca seçmiş oldukları alanlarda değil, disiplinler arası bir yaklaşımla birçok farklı alanda bilgi sahibi bireyler olarak mezun olabilmelerini sağlama bilinciyle yapılmıştır.