Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, 1992 yılında kurulmuş olup, kuruluşunda Fen-Edebiyat, Su Ürünleri, Teknik Eğitim, İktisadî ve İdarî Bilimler Fakülteleri, Fen ve Sosyal Bilimler Enstitüleri ile Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu yer almıştır. Muğla'daki ilk yükseköğrenim birimleri, 1975 yılında Ankara İktisadî ve Ticarî İlimler Akademisi'ne bağlı olarak kurulan ve 1982 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi'ne bağlanan Muğla İşletmecilik Yüksekokulu ile 1989 yılında yine Dokuz Eylül Üniversitesi'ne bağlı olarak kurulan Muğla Meslek Yüksekokulu'dur. Üniversitenin kurulmasıyla birlikte, Muğla İşletmecilik Yüksekokulu İktisadî ve İdarî Bilimler Fakültesine, Muğla Meslek Yüksekokulu ise üniversiteye bağlanmıştır. 1993 yılında üniversite, iki aktif fakülte ve iki meslek yüksekokulu ile ilk öğrencilerini kabul etmiştir.
1992 yılında kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile 1994 yılında kurulan Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü, üniversitenin eğitim-öğretim faaliyetlerine hızlı bir başlangıç yapmasını sağlamıştır. Aynı yıl Ula Ali Koçman Meslek Yüksekokulu ve Ortaca Meslek Yüksekokulu da kurulmuştur. Milas Sıtkı Koçman Meslek Yüksekokulu ve Spor Bilimleri Fakültesi (eski adıyla Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu) ise 1995 yılında, Sağlık Bilimleri Fakültesi (eski adıyla Muğla Sağlık Yüksekokulu), Marmaris Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Teknik Eğitim Fakültesi 1997 yılında, Fethiye Ali Sıtkı Mefharet Koçman Meslek Yüksekokulu 1998 yılında, Dalaman Meslek Yüksekokulu 1999 yılında kurulmuştur. 2001 yılında Eğitim Fakültesi ve Turizm Fakültesi (eski adıyla Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu), 2002 yılında Fethiye Sağlık Bilimleri Fakültesi (eski adıyla Fethiye Sağlık Okulu), 2004 yılında Güzel Sanatlar Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi ve Yatağan Meslek Yüksekokulu, 2006 yılında Mühendislik Fakültesi ve Datça Kazım Yılmaz Meslek Yüksekokulu, 2010 yılında Eğitim Bilimleri Enstitüsü, 2011 yılında Tıp Fakültesi, Edebiyat Fakültesi, Fen Fakültesi, Teknoloji Fakültesi ve Köyceğiz Meslek Yüksekokulu, 2012 yılında Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Bodrum Denizcilik Meslek Yüksekokulu ve İçmeler Turizm Meslek Yüksekokulu ilk öğrencilerini kabul etmiştir. Yabancı Diller Yüksekokulu (eski adıyla Sıtkı Koçman Yabancı Diller Yüksekokulu) 2005 yılında eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Fethiye İşletme Fakültesi 2014 yılında, Dalaman Sivil Havacılık Yüksekokulu 2017 yılında, Mimarlık Fakültesi, Milas Veteriner Fakültesi, Kavaklıdere Şehit Mustafa Alper Meslek Yüksekokulu ve Seydikemer Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ise 2018 yılında ilk öğrencilerini kabul etmiştir. Diş Hekimliği Fakültesi, İslami İlimler Fakültesi ve Fethiye Ziraat Fakültesi kurulmuş olmasına rağmen henüz eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamamıştır.
Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, kurulduğu günden bu yana ülkemizin sosyo-kültürel, bilimsel ve teknolojik gelişmesine katkıda bulunma, yüksek kalitede yükseköğrenim ve araştırma sunma amacıyla hareket etmektedir. Üniversite, sistematik ve kapsamlı bir eğitim programı geliştirme hedefiyle 1994 yılında hızlı bir gelişme ve yatırım projesi başlatmıştır. Bu çabalara, üniversitenin hamisi Sıtkı Koçman cömert mali katkılarıyla destek olmuştur. Sıtkı Koçman’ın desteklerinden dolayı, 2012 yılına kadar Muğla Üniversitesi olan kurumun ismi 31 Mayıs 2012 tarih ve 28309 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan kararla Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi olarak değiştirilmiştir.
Üniversite, sosyal bilimler, fen bilimleri, eğitim bilimleri, sanat ve beşeri bilimler ile mesleki eğitim alanlarında güvenilir bir eğitim sunmayı amaçlamaktadır. Kurulduğunda sadece bir bölümü, 1.128 öğrencisi ve üç programı olan üniversite, bugün 21 fakülte, 4 enstitü, 3 yüksekokul, 16 meslek yüksekokulu, 47 araştırma ve uygulama merkezi ile 208.000 metrekare kapalı alan üzerinde 44.607 öğrencisi, 1.608 öğretim elemanı ve 827 idari personeliyle hizmet vermektedir.