Muş Alparslan Üniversitesi, eğitim sistemini öğrenci merkezli bir yaklaşımla yapılandırmıştır. Üniversite, lisans, yüksek lisans ve doktora programları ile geniş bir akademik yelpaze sunar. Eğitim programları, teorik bilgilerin yanı sıra uygulamalı dersler ve laboratuvar çalışmaları ile desteklenir. Öğrencilerin bilimsel araştırma yapma, analiz etme ve sorun çözme becerilerini geliştirmeleri hedeflenir. Üniversite, disiplinler arası çalışmalara ve işbirliklerine önem vererek, öğrencilerin farklı alanlarda bilgi sahibi olmalarını sağlar. Ayrıca, çeşitli seminerler, konferanslar ve atölye çalışmaları ile öğrencilerin akademik ve mesleki gelişimlerine katkıda bulunur. Eğitim dili genellikle Türkçe olmakla birlikte, bazı programlarda İngilizce eğitim de verilmektedir. Öğrencilerin uluslararası deneyim kazanmaları için değişim programları ve ortak diploma programları da mevcuttur. Eğitim sürecinde teknolojinin etkin kullanımı teşvik edilmekte ve uzaktan eğitim imkanları sunulmaktadır.
