Necmettin Erbakan Üniversitesi'nde eğitim sistemi, öğrencilerin akademik, sosyal ve kişisel gelişimlerini desteklemeyi amaçlamaktadır. Üniversitede, lisans ve lisansüstü programlar, Bologna sürecine uygun olarak yapılandırılmıştır. Bu sayede, Avrupa standartlarında bir eğitim sunulmakta ve öğrencilere uluslararası düzeyde tanınan diplomalar verilmektedir. Dersler, teorik bilgilerin yanı sıra uygulamalı çalışmaları da içermekte olup, öğrencilere alanlarında pratik deneyim kazandırılmaktadır. Ayrıca, öğrencilere farklı disiplinler arasında geçiş yapma ve yan dal ya da çift ana dal programlarına katılma imkanı sunulmaktadır. Eğitim sistemi, öğrenci merkezli bir yaklaşım benimseyerek, öğrencilerin bağımsız düşünme, problem çözme ve araştırma yapma yeteneklerini geliştirmeyi hedeflemektedir. Üniversitede, öğretim elemanları ve öğrenciler arasında etkili bir iletişim ve işbirliği ortamı oluşturulmaktadır. Eğitim sürecini desteklemek amacıyla, çeşitli seminerler, konferanslar ve atölye çalışmaları düzenlenmektedir.