Piri Reis Üniversitesi'nin eğitim sistemi, öğrenci merkezli bir yaklaşımla yapılandırılmıştır. Lisans, yüksek lisans ve doktora düzeylerinde eğitim programları sunan üniversite, öğrencilere teorik bilgiyi pratik uygulamalarla pekiştirme fırsatı vermektedir. Lisans programları, çeşitli fakülteler ve bölümler aracılığıyla geniş bir akademik yelpazede sunulmakta olup, zorunlu ve seçmeli dersler içermektedir. Stajlar ve saha çalışmaları gibi uygulamalı eğitim imkanları, öğrencilerin teorik bilgilerini pratikte kullanmalarını desteklemektedir. Yüksek lisans ve doktora programları, ileri düzeyde akademik bilgi ve araştırma yapma fırsatı sunmakta olup, tezli ve tezsiz seçenekler mevcuttur. Doktora programları, bağımsız araştırma yapabilme yeteneğini geliştirmeyi amaçlamaktadır. Üniversite, simülatörler, laboratuvarlar ve eğitim gemileri gibi uygulamalı eğitim imkanları sunarak öğrencilerin pratik deneyim kazanmalarını sağlamaktadır. Ayrıca, online ders materyalleri, interaktif sınıf ortamları ve dijital araçlar ile öğrencilerin öğrenme süreci desteklenmektedir. Değerlendirme ve sınav sistemi, ara sınavlar, final sınavları, projeler ve ödevler gibi çeşitli yöntemlerle öğrencilerin derslerdeki performanslarını ölçmektedir.
