Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne Külliyesi'nde eğitim vermektedir. Bu külliye, tıp eğitimi vermek üzere Sultan II. Abdülhamid Han tarafından yaptırılan ilk tıp okuludur. Yapımına 1894 yılında başlanmış ve 1903 yılında tamamlanmıştır. Binanın açılışı, Sultan II. Abdülhamid’in doğum günü olan 6 Kasım 1903 tarihinde gerçekleştirilmiştir.
Binanın mimari tasarımı, dönemin önde gelen mimarlarından Alexandre Vallaury ve Raimondo D'Aronco tarafından yapılmıştır. Haydarpaşa Askeri Hastanesi ve Selimiye Kışlası mimari tarzıyla uyum içinde olan bina, 80 bin metrekarelik bir arsa üzerinde inşa edilmiştir. Dört kenarı koridorlarla çevrili dikdörtgen bir iç avlusu ile 54 bin metrekarelik inşaat alanına sahiptir.
Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne, 1903-1909 yılları arasında Askeri Tıp Mektebi olarak hizmet vermiş, ardından sivil tıp mektebi olarak faaliyet göstermiştir. Bünyesinde cerrahhane de bulunan Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne, botanik bahçesi ve tıbbi bitkileri ile eczacı yetiştirilmesine de katkıda bulunmuştur. Baytar mektebi, binanın hemen civarında kurulmuştur. Haydarpaşa Asker Hastanesi, yeraltı tüneli ve raylı sistem ile mektep binasına bağlanarak öğrenciler için eğitim hastanesi olarak kullanılmıştır. Almanca, Fransızca ve Türkçe dillerinde eğitim verilen bu tıp mektebinden çok değerli siyasetçi ve bilim insanları yetişmiştir.
1933 yılına kadar tıbbiye olarak hizmet veren Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne, 1933-1983 yılları arasında Haydarpaşa Lisesi olarak kullanılmıştır. 1983 yılında ise Marmara Üniversitesi’ne tahsis edilerek, içerisinde Tıp Fakültesi’nin de bulunduğu bir eğitim külliyesi olarak hizmet vermeye başlamıştır.
Marmara Üniversitesi'ne tahsisli olan Haydarpaşa Külliyesi, 15 Nisan 2015 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 27 Mart 2015 tarih ve 6639 sayılı Kanun gereğince, Sağlık Bilimleri Üniversitesi’ne Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne adıyla hizmet vermek üzere tahsis edilmiştir. Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Mekteb-i Tıbbiyye-i Şâhâne (Hamidiye) Külliyesi'nde fakülte, sağlık hizmetleri meslek yüksekokulu ve enstitü birimleri olarak eğitim faaliyetlerini sürdürmektedir.
15 Temmuz 2016 darbe girişimi sonrasında, Gülhane Tıp Akademisi (GATA), 669 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Sağlık Bilimleri Üniversitesi'ne devredilmiş olup, eğitim faaliyetlerine ara verilmeden devam edilmiştir. Üniversite, Gülhane (Ankara) Külliyesi'nde fakülte, sağlık meslek yüksekokulu ve enstitü birimleri olarak eğitim faaliyetlerini sürdürmektedir.
Üniversite, Türkiye'nin farklı illerinde tıp fakülteleri kurmuş ve eğitim faaliyetlerine devam etmektedir. Ayrıca, Milli Savunma Bakanlığı ve İçişleri Bakanlığı nam ve hesabına askeri öğrenci de almaktadır.
Sağlık Bilimleri Üniversitesi, yurtdışında eğitim faaliyeti vermeye yetkili tek devlet üniversitesidir ve yurtdışında eğitim dili Türkçe olan tek üniversite olarak ülkeyi gururla temsil etmektedir. Bu kapsamda, Somali, Sudan, Özbekistan ve Suriye’de eğitim öğretim faaliyetleri başlamıştır. Yurtdışı eğitim faaliyetleri, önümüzdeki dönem için Afganistan, Filistin, Pakistan, Lübnan ve diğer ülkelerde devam edecektir.