Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, 17 Mart 2006 tarihli Resmi Gazete'de yayımlanan 5467 sayılı kanunla kurulmuştur. Bu kanunla, Trakya Üniversitesi'ne bağlı olan Ziraat Fakültesi, Çorlu Mühendislik Fakültesi, Sağlık Yüksekokulu ve çeşitli meslek yüksekokulları Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi'ne devredilmiştir. Aynı yasa ile Tıp Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü kurulmuştur.
Tekirdağ Meslek Yüksekokulu 2008 yılında Teknik Bilimler ve Sosyal Bilimler olarak ikiye ayrılmış, 2009 yılında Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Denizcilik Meslek Yüksekokulu eklenmiştir. İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Yabancı Diller Yüksekokulu, Güzel Sanatlar, Tasarım ve Mimarlık Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, İlahiyat Fakültesi, Hukuk Fakültesi ve Diş Hekimliği Fakültesi gibi akademik birimler kurulmuştur. Bugün, üniversite bünyesinde 11 fakülte ve 2 yüksekokul bulunmaktadır.
Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, kuruluş çalışmalarına Trakya Üniversitesi Rektörlüğü bünyesinde başlamış ve ardından Namık Kemal Üniversitesi Uygulama Oteli'nde devam etmiştir. Rektörlük birimleri, 2007'de Tekirdağ merkezindeki eski belediye binasında hizmet vermeye başlamış, 2012'de yeni Rektörlük binasına taşınmıştır. Üniversite, Sağlık Kültür Spor Daire Başkanlığı, Kariyer Araştırma ve Uygulama Merkezi, NKÜTEK Teknopark TGB 1 Kuluçka Merkezi ve Trakya Verimlilik ve İnovasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi gibi birimlerle öğrencilere hizmet vermektedir. Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı ise Merkezi Derslikler binasında yer almaktadır.