Yozgat Bozok Üniversitesi, 1 Mart 2006 tarihli ve 5467 sayılı Bakanlar Kurulu kararıyla kurulmuş olup, bu karar 17 Mart 2006 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanmıştır. Üniversite, 2006 yılında müstakil olarak kurulmuş olsa da altyapısı oldukça eskiye dayanmaktadır. 1982 yılında Erciyes Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulan Yozgat Meslek Yüksekokulu ve 1989 yılında Gazi Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulan diğer bir Meslek Yüksekokulu, üniversitenin temelini oluşturmuştur. Bu iki meslek yüksekokulu, 1994 yılında birleştirilerek Erciyes Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Erciyes Üniversitesi’ne bağlı olarak 1992 yılında Mühendislik-Mimarlık Fakültesi ve Ziraat Fakültesi, 1994 yılında Fen-Edebiyat Fakültesi ve İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, 1996 yılında ise Sağlık Yüksekokulu kurulmuştur. 1997 yılında Cumhuriyet Üniversitesi’ne bağlı olarak faaliyete geçen Akdağmadeni Meslek Yüksekokulu da 2006 yılında Yozgat Bozok Üniversitesi’ne bağlanarak müstakil bir yapı kazanmıştır.
Üniversite, Yozgat ili merkez ilçesinde 4070 dekarlık bir alanda yer alan Erdoğan Akdağ Doğu Kampüsü ve Bilal Şahin Batı Kampüsü'nde eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Ayrıca Yozgat merkezde Rektörlük Protokol Binası, Diş Hekimliği Binası ve Esentepe Mevkii’nde yerleşkeleri bulunmaktadır. Merkez dışında ise Sorgun, Akdağmadeni, Yerköy, Boğazlıyan, Şefaatli, Çekerek ve Sarıkaya ilçelerindeki yerleşkeleri ile birlikte toplam 7632 dekarlık bir alanda eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerini yürütmektedir.
2006-2007 Akademik yılında 4 fakülte, 1 yüksekokul, 2 meslek yüksekokulu ve 2 enstitü ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlayan Yozgat Bozok Üniversitesi, 2021-2022 eğitim-öğretim yılında 14 fakülte, 4 yüksekokul, 8 meslek yüksekokulu, 2 enstitü, 1 Araştırma ve Uygulama Hastanesi, 15 Uygulama ve Araştırma Merkezi, 1 Teknopark, 1 Teknoloji Transfer Ofisi ve Rektörlüğe bağlı 4 bölüm ile eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.
Kuruluşundan bu yana üniversite, insan kaynakları açısından da önemli bir gelişme göstermiştir. 1000’e yakın akademik personel ve 1000’den fazla idari ve destek hizmet personeli ile faaliyetlerini sürdürmektedir. Öğrenci sayısı on dört yıl içinde yaklaşık %400 artarak 20.000’i geçmiştir.
2020 yılında, Yükseköğretim Kurulu tarafından yürütülen "Bölgesel Kalkınma Odaklı Misyon Farklılaşması ve İhtisaslaşma Projesi" kapsamında, Yozgat Bozok Üniversitesi, “Sürdürülebilir Biyomalzeme ve Biyoenerji için: Endüstriyel Kenevir” başlıklı projesi ile “İhtisaslaşan Üniversiteler” arasına girmiştir.