“Uluslararası nitelikte eğitim altyapısı ile objektif düşünebilen, sorgulayan, araştıran, bilgi ve değer üreten, yaratıcı, etik ve ahlaki değerlere önem veren, toplumsal sorumluluk bilincine sahip mezunlar yetiştirmek” misyonu ile kurulan Girne Üniversitesi’nin, eğitim ve öğretim temelleri, kardeş üniversite Yakın Doğu Üniversitesi’nin Kıbrıs’ta ilk Denizcilik Fakültesi’nin kurulmasına ilişkin alt yapısının 1978 yılında şekillenerek hayata geçmesine ve 35 yıllık deneyimine dayanmaktadır.
Girne Üniversitesi (GÜ) 2013 yılında, gerekli yasal altyapı işlemlerini tamamlayarak Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti (KKTC) Milli Eğitim Bakanlığı izniyle ve bunu takiben KKTC Yüksek Öğrenim Planlama, Denetleme, Akreditasyon ve Denetleme Kurulu (YÖDAK)’ın 19 Mart 2013 tarih ve 33/2006-12 sayılı kararı ile KKTC deki kuruluşunu, Kıbrıs’ın tarihi ve en güzel şehirlerinden biri olan Girne’de gerçekleştirmiştir.
Yakın Doğu Üniversitesi'nden gelen köklü denizcilik eğitimi geleneği ile öne çıkan Denizcilik, Deniz İşletmeciliği ve Yönetimi, Deniz Bilimleri fakülteleri ile Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Lisansüstü Programı ve Denizcilik Meslek Yüksek Okulu programlarını tüm alt ve üst yapıları ile birlikte devir almıştır. Böylelikle Girne Üniversitesi kurulduğu andan itibaren öğrencisi, öğretim elemanı ve eğitim için gerekli alt yapıya hemen kavuşmuş, henüz işe başlarken dahi geçmişten gelen tecrübe ile ideal bir yükseköğrenim kurumu olarak yapılandırılmıştır.
Kuruluşunda, eğitim ve öğretim etkinliklerine Yakın Doğu Üniversitesinin sağladığı olanaklarla başlayan üniversite, bir yıldan kısa bir süre içinde, Girne Karakum mevkii sahil bandında yer alan, toplamı 27 dönüm olan kampüste kendi yerleşkesini oluşturmaya başlamıştır. 27 Eylül 2013 tarihinde geniş katılımlı bir törenle temeli atılarak, KKTC Cumhuriyet Bayramı olan 15 Kasım 2015 tarihinde hizmete giren kampüsüne geçmiştir.
Kuruluşunun temelini oluşturan ve açılışından sonra büyümenin ilk başlangıç noktası olan Denizcilik programlarının tamamına yakını Uluslararası Denizcilik Organizasyonu’nun (International Maritimie Organization, IMO) öngördüğü şartları ve standartları yerine getirmekte, gerekli denetim ve onaylar T.C. Ulaştırma, Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı’nın ilgili yönetmeliklerinde öngörülen şartlara ve standartlara uygun olarak alınmaktadır. Adı geçen Bakanlığın ilgili müdürlüklerinin olağan denetimleri devam etmektedir.
Üniversite Kurucu Mütevelli Heyeti, Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi ve buna bağlı Sivil Hava Lojistiği, Havacılık Yönetimi (Sivil Hava Ulaştırma İşletmeciliği), Pilotaj bölümlerinin açılmasına karar vermiş ve bunun için gerekli süreçleri hızla tamamlamıştır. Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi 2015-2016 ders yılında eğitime başlamıştır.