Hacettepe Üniversitesi'nin temelleri, 2 Şubat 1954 tarihinde Prof. Dr. İhsan Doğramacı tarafından Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'ne bağlı olarak kurulan Çocuk Sağlığı Kürsüsü ile atılmıştır. 1957 yılında Hacettepe Çocuk Hastanesi açılmış, 1958'de ise Hacettepe Çocuk Sağlığı Enstitüsü ve ona bağlı Çocuk Hastanesi eğitim, öğretim, araştırma ve kamu hizmeti faaliyetlerine başlamıştır.
1961 yılında, Hacettepe Çocuk Sağlığı Enstitüsü bünyesinde Hacettepe Sağlık Bilimleri Yüksekokulu kurulmuş ve Hemşirelik, Tıbbi Teknoloji, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon alanlarında eğitim vermeye başlamıştır. 1962'de bu enstitü bünyesinde Beslenme ve Diyetetik alanında eğitim veren Ev Ekonomisi Yüksekokulu kurulmuştur. 1963 yılında Hacettepe Sağlık Bilimleri Yüksekokulu, Tıp ve Sağlık Bilimleri Fakültesi'ne dönüştürülmüş ve Temel Bilimler, Hemşirelik, Fizyoterapi-Rehabilitasyon, Tıbbi Teknoloji ve Sağlık Teknolojisi Yüksekokulları bu fakülteye bağlanarak Türkiye'nin dördüncü Tıp Fakültesi olarak Hacettepe Tıp Fakültesi kurulmuştur. Aynı yıl Diş Hekimliği Yüksekokulu da faaliyete geçmiştir.
1965 yılında Hacettepe eğitim kurumlarının koordinasyonunu sağlamak amacıyla Hacettepe Bilim Merkezi kurulmuştur. 1966'da Hacettepe Tıp Merkezi ve Hacettepe Tıp Merkezi Hastanesi hizmete girmiştir. 8 Temmuz 1967 tarih ve 892 sayılı Kanun ile Hacettepe Üniversitesi kurulmuş ve Tıp, Sağlık Bilimleri, Fen ve Sosyal Bilimler Fakülteleri eğitime başlamıştır. Üniversitenin kurucusu ve ilk rektörü olarak Prof. Dr. İhsan Doğramacı göreve başlamıştır.
2017 yılında Hacettepe Üniversitesi, 50. kuruluş yıl dönümünü kutlayarak geçmişinden gururlanmış ve geleceğe yönelik hedeflerini belirlemiştir. Bugün Hacettepe Üniversitesi, 16 fakülte, 15 enstitü, 4 meslek yüksekokulu, 2 yüksekokul, 1 konservatuvar ve 98 araştırma ve uygulama merkezi ile bilim, teknoloji ve sanat alanlarında toplumsal kalkınmaya ve evrensel değerlere katkılarını sürdürmektedir.