Mardin Artuklu Üniversitesi, 5662 Sayılı "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun" ile kurulmuş ve 28 Mayıs 2007 tarihinde dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından onaylanmıştır. 2007-2008 eğitim-öğretim yılında 83 öğrenci alarak eğitim hayatına başlamıştır. 2011-2012 eğitim-öğretim yılında Türkiye'de ilk defa lisans düzeyinde Kürtçe eğitim veren Kürt Dili ve Edebiyatı lisans programına 20 öğrenci alarak önemli bir ilke imza atmıştır.
Sosyal Bilimler Tematik Üniversitesi olarak kurulan ve nitelikli bir akademik kadroya sahip olan Mardin Artuklu Üniversitesi, yeni tema olarak turizmi odak alan çalışmalar yapmaktadır. "Ahlak, bilgi ve üretim" mottosuyla büyüyen üniversitenin öğrenci sayısı 2023-2024 eğitim-öğretim dönemi itibarıyla 18 bine ulaşmıştır. Bu öğrencilerden 2500'ü yabancı öğrenci olup, üniversite bünyesinde Türkçe bölümlerin yanı sıra yüzde yüz Arapça, İngilizce ve Türkçe hibrit programlar da bulunmaktadır. 2023-2024 eğitim-öğretim döneminde Tıp Fakültesi ilk öğrencilerini almış ve kampüs alanı içinde Tıp Fakültesi öğrencilerinin uygulama yapacağı büyük kapsamlı hastanenin yapımı devam etmektedir.
22 Ağustos 2019 tarihli ve 30866 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan Cumhurbaşkanlığı kararı ile, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun 13'üncü maddesi ile 3 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 2'nci, 3'üncü ve 7'nci maddeleri gereğince Prof. Dr. İbrahim Özcoşar, Mardin Artuklu Üniversitesi Rektörlüğü'ne atanmıştır. 2023 yılında Cumhurbaşkanı tarafından ikinci kez atanmış olup, halen görevine devam etmektedir.
Mezopotamya’nın en eski yerleşim yerlerinden biri olan Mardin ilinde kurulan Mardin Artuklu Üniversitesi, Türkiye’nin genç ve gelişmekte olan üniversiteleri arasında yer almaktadır. Bugün itibarıyla üniversite, öğrenim, araştırma ve uygulama faaliyetlerini 11 fakülte, 2 yüksekokul, 8 meslek yüksekokulu, 2 enstitü, 1 devlet konservatuvarı, 17 araştırma ve uygulama merkezi ve 17 koordinatörlük ile yürütmektedir. 18.000’e yakın öğrenciyi geleceğe hazırlayan Mardin Artuklu Üniversitesi, dinamik akademik kadrosu ve hızlı gelişimi ile dikkat çekmektedir.
"Türkiye’de Yaşayan Diller Enstitüsü"nü bünyesinde bulundurma ayrıcalığına sahip olan Mardin Artuklu Üniversitesi, farklı dillerde eğitim veren yeni fakülte ve bölümlerin kurulmasını sağlayarak dil ağırlıklı tematik bir üniversite olma kararlılığında ilerlemektedir. Stratejik hedef çıtasını sürekli zirveye yerleştiren üniversite, oluşturduğu vizyon ile bölgede örnek teşkil eden girişimlere imza atmaktadır. Bu girişimlerin başında, Türkiye’nin ilk ve tek Kültür Turizmi İhtisas Üniversitesi olma hedefini gerçekleştirmek yer almaktadır.