Ordu Üniversitesi, 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 5467 Sayılı Kanun ile kurulmuştur. Üniversite, genç olmasına rağmen köklü akademik geçmişe sahip iki büyük üniversitenin başarılı ve saygın farklı akademik birimlerinin bir araya gelmesiyle oluşturulmuş, bu nedenle önemli bir tecrübe birikimine sahiptir.
Ordu Üniversitesi, Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne bağlı Ünye İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Sağlık Yüksekokulu ve Mesudiye Meslek Yüksekokulu ile Karadeniz Teknik Üniversitesi'ne bağlı Ziraat Fakültesi ve Meslek Yüksekokulu'nun bir araya getirilmesiyle kurulmuştur. Bu birikime daha sonra Tıp Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Diş Hekimliği Fakültesi, Eğitim Fakültesi, Fen, Sosyal ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri, Devlet Konservatuvarı, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Turizm ve Otelcilik Yüksekokulu ile Fatsa, Ulubey, Akkuş, Aybastı ve İkizce Meslek Yüksekokulları eklenmiştir. Üniversitenin hedefi, mevcut programları akademik, teknik ve fiziki anlamda donatarak öğrenci alımına hazır hale getirmektir.
Ordu Üniversitesi, öğrenen organizasyon modeli ile kalite odaklı bir yönetişim sistemi benimsemekte ve katılımcı bir anlayışla kurumsal değerler inşa etmektedir. Uluslararası standartlarda bir eğitim ve araştırma politikası izleyen üniversite, bu politikaları ulusal stratejilerle uyumlu bir şekilde geliştirerek ülkeye en yüksek faydayı sağlamayı hedeflemektedir. Eğitim programları, araştıran, sorgulayan, eleştiren, sorumluluk sahibi, inisiyatif kullanabilen ve empati yeteneği gelişmiş bireyler yetiştirilmesine odaklanmaktadır.
Ordu Üniversitesi, bu yaklaşımıyla hem akademik hem de teknik ve fiziki anlamda gelişimini sürdürmekte ve öğrencilere kaliteli bir eğitim sunmayı amaçlamaktadır.