Piri Reis Üniversitesi, Türk Deniz Eğitim Vakfı (TÜDEV) tarafından kurulmuştur. TÜDEV, Türkiye'de ihtiyaç duyulan gemiadamı ihtiyacını karşılamak, mevcut denizcilik ile ilgili eğitim kurumlarına yardımcı olmak ve gemiadamı yetiştiren bir eğitim kurumu faaliyete geçirmek amacıyla yola çıkmıştır. Vakıf senedinde belirtilen amaçlar doğrultusunda, şartlar uygun olduğunda bir üniversite kurma hedefi de belirlenmiştir. Bu amaç doğrultusunda TÜDEV, öncelikle Denizcilik Fakülteleri ve diğer denizcilik eğitim kurumlarına gerekli maddi desteği sağlamış ve bu destekler halen devam etmektedir.
Kurucu vakıf TÜDEV, Mart 1995'te kendi eğitim merkezi olan Tüdev Deniz Eğitim Merkezi'ni kurmuş ve bu merkezde bugüne kadar 2100 zabitan yetiştirilmiştir. 4 Aralık 2003 tarihinde yapılan olağanüstü genel kurul toplantısında, Deniz Eğitim Merkezi'nin yükseköğretim düzeyinde "Türk Denizcilik Üniversitesi" olarak hizmet vermeye devam etmesi kararı alınmış ve çalışmalar başlamıştır. Uzun çabaların ardından, 8 Şubat 2008 tarihinde Resmi Gazete'de yayınlanan kanun ile tüzel kişilik kazanan T.C. Piri Reis Üniversitesi kurulmuş ve Türk ve dünya denizciliğine kazandırılmıştır.
Piri Reis Üniversitesi'nin misyonu, tüm paydaşlarıyla işbirliği ve dayanışma içinde evrensel standartlarda, öğrenci odaklı eğitim ve öğretim vermektir. Üniversite, 21. yüzyıl yetkinliklerine sahip, mesleğini dünyanın her yerinde icra edebilen, liderlik vasıflarına sahip, sürdürülebilir kalkınma hedeflerini benimsemiş, Atatürk ilkeleri doğrultusunda, aklın ve bilimin rehberliğinde sürekli gelişimi hedefleyen, denizcilik kültürünü özümsemiş, ahlaki değerleri yüksek bireyler yetiştirmeyi amaçlamaktadır. Bu misyon doğrultusunda, denizcilik sektörünün ihtiyaç duyduğu nitelikli insan gücünü karşılamak hedeflenmektedir.
Ayrıca, denizcilik sektörünün gelişimini sağlamak amacıyla bilginin üretilmesi, ürüne dönüştürülmesi ve yayılmasına yönelik araştırma ve proje geliştirme faaliyetleri yürütülmektedir. Piri Reis Üniversitesi, denizci millet denizci ülke hedefine katkı sağlayacak her türlü etkinlikte topluma hizmet ederek Piri Reis Üniversitesi bayrağını dalgalandırmayı misyon edinmiştir.
Piri Reis Üniversitesi'nin vizyonu, denizcilikle ilgili her alanda eğitim ve araştırmada mükemmelliği hedefleyerek sektöre değer katan, Türkiye’de öncü ve dünya çapında marka bir ihtisas üniversitesi olmaktır. Bu vizyon doğrultusunda, üniversite, sektördeki en iyi uygulamaları benimseyerek ve yenilikçi eğitim modelleri uygulayarak, öğrencilerine ve paydaşlarına yüksek kalitede eğitim ve araştırma olanakları sunmayı amaçlamaktadır.