Erzincan Üniversitesi, Türkiye'nin doğusunda, Erzincan ilinde bulunan köklü bir eğitim kurumudur. Üniversitenin temelleri, 1976 yılında Milli Eğitim Bakanlığına bağlı olarak kurulan Erzincan Meslek Yüksekokulu ve aynı tesis içinde faaliyet gösteren Erzincan Eğitim Yüksekokulu ile atılmıştır. Bu okullar, 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Atatürk Üniversitesi'ne bağlanmıştır. 11 Temmuz 1992'de Erzincan Eğitim Yüksekokulu, Erzincan Eğitim Fakültesi'ne dönüştürülmüş ve Atatürk Üniversitesi Rektörlüğü'ne bağlı olarak lisans düzeyinde öğretim vermeye devam etmiştir.
27 Haziran 1987 tarih ve 3389 sayılı Kanun ile kurulan Erzincan Hukuk Fakültesi, öğretim faaliyetlerine 1991 yılında Erzincan'da başlamış, ancak 13 Mart 1992 depremi sonrasında Ankara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nde eğitimine devam etmek zorunda kalmıştır. 1994 yılında Erzincan'a geri dönen fakülte, burada yeniden faaliyetlerine başlamıştır.
Sağlık Yüksekokulu, 2 Kasım 1996 tarihli Resmi Gazete'de yayınlanan 10 Ekim 1996 tarih ve 8655 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ve Sağlık Bakanlığı ile Yükseköğretim Kurulu (YÖK) arasında imzalanan işbirliği protokolü ile kurulmuştur. 1999-2000 öğretim yılında ilk öğrencilerini alarak eğitim-öğretime başlamıştır. 16 Temmuz 2003 tarihli Resmi Gazete'de yayınlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile Fen-Edebiyat Fakültesi kurulmuş ve 2004-2005 öğretim yılında ilk öğrencilerini kabul etmiştir.
1991-2004 yılları arasında Atatürk Üniversitesi'ne bağlı olarak Erzincan İlahiyat Meslek Yüksekokulu ile Refahiye, Tercan ve Kelkit'te Meslek Yüksekokulları açılmıştır. Erzincan’ın Kemaliye ilçesinde ise 5 Haziran 1996 yılında Fırat Üniversitesi'ne bağlı olarak Kemaliye Hacı Ali Akın Meslek Yüksekokulu açılmış ve 2006 yılına kadar bu üniversiteye bağlı olarak faaliyetlerine devam etmiştir.
Erzincan Üniversitesi, 1 Mart 2006 tarih ve 5467 sayılı Kanun ile kurulmuştur. Bu kanunla birlikte üniversite, Atatürk Üniversitesi'ne bağlı olan mevcut yüksekokul ve fakülteleri bünyesine katmıştır. Üniversite, kurulduğu günden bu yana eğitimde kaliteyi artırmayı hedefleyen, bölgesel kalkınmaya katkı sağlamayı amaçlayan ve araştırma faaliyetlerini destekleyen bir kurum olarak faaliyet göstermektedir.