Iğdır Üniversitesi'nde eğitim sistemi, öğrenci merkezli ve araştırma odaklı bir yaklaşımla yapılandırılmıştır. Lisans, yüksek lisans ve doktora seviyelerinde çeşitli programlar sunulmaktadır. Dersler, teorik bilgilerin yanı sıra uygulamalı eğitimlerle desteklenir. Öğrenciler, alanlarında deneyim kazanmaları için staj ve proje çalışmalarına teşvik edilmektedir. Akademik takvim, güz ve bahar dönemlerinden oluşmakta olup, yaz döneminde de bazı programlar için dersler sunulabilmektedir. Eğitim dili genellikle Türkçe olmakla birlikte, bazı programlarda İngilizce eğitim de verilmektedir. Üniversite, öğrencilerin kişisel ve mesleki gelişimlerini desteklemek amacıyla seminerler, konferanslar ve atölye çalışmaları düzenlemektedir. Ayrıca, uluslararası değişim programları ve ortak projeler ile öğrencilerin küresel bir bakış açısı kazanmaları sağlanmaktadır. Eğitim süreci boyunca, öğrencilerin akademik başarıları düzenli olarak değerlendirilir ve gelişimlerine yönelik geri bildirimler sağlanır.
