İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi, Edebiyat Fakültesi çatısı altında, 2010-2011 akademik yılında Felsefe, Tarih ve Türk Dili ve Edebiyatı programlarına öğrenci alarak eğitim faaliyetlerine başlamıştır. 2012-2013 akademik yılından itibaren bu bölümlere yerleştirilen öğrenciler için zorunlu İngilizce Hazırlık Sınıfı açılmıştır. 2014-2015 akademik yılında Psikoloji, Arapça Mütercim ve Tercümanlık ile İngilizce Mütercim ve Tercümanlık programları açılmış ve bu tarihten itibaren Edebiyat Fakültesi lisans programlarının öğrenim dili kısmen (%30) İngilizce veya Arapça olmuştur. 2021-2022 akademik yılında ise Bilgi ve Belge Yönetimi ve İngiliz Dili ve Edebiyatı lisans programlarına öğrenci kabul edilmiştir.
İlahiyat Fakültesi, 2011-2012 akademik yılında Uluslararası İslam ve Din Bilimleri Fakültesi adıyla, öğrenim dili kısmen (%30) Arapça olan İslam ve Din Bilimleri Programına öğrenci alarak eğitim faaliyetlerine başlamıştır. 2012-2013 akademik yılında “Uluslararası İlahiyat Programı”na da öğrenci alınmış olup, bu programlara yerleştirilen öğrenciler için zorunlu Arapça Hazırlık Sınıfı uygulanmaktadır. 2011-2012 akademik yılından itibaren zorunlu Arapça Hazırlık Sınıfını başarıyla tamamlayan öğrenciler, Ürdün’ün önde gelen üniversitelerine gönderilerek Arapçalarını geliştirmektedir.
İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, 2013-2014 akademik yılında öğrenim dili İngilizce olan Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Programına öğrenci alarak eğitim faaliyetlerine başlamıştır ve bu programa yerleştirilen öğrenciler için zorunlu İngilizce Hazırlık Sınıfı oluşturulmuştur. 2014-2015 akademik yılında Ekonomi (İngilizce) ve Sosyal Hizmet (Türkçe) programları açılarak ilk öğrenciler kabul edilmiştir. 2021-2022 akademik yılında ise Bilişim Sistemleri Lisans Programı açılarak ilk öğrencilerini almıştır.
Eğitim Fakültesi, 2019-2020 akademik yılında Türkçe ve Sosyal Bilimler Eğitimi Bölümü bünyesinde öğrenim dili Türkçe olan Türkçe Öğretmenliği Lisans Programına öğrenci alarak eğitim öğretime başlamıştır. 2020-2021 akademik yılında Arapça Öğretmenliği, İngilizce Öğretmenliği, Okul Öncesi Öğretmenliği ve Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık lisans programlarına da öğrenci kabul edilmiştir.