Manisa Celal Bayar Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarihinde kurulmuş ve Manisa'da yükseköğretimin temelini oluşturan üç önemli okul ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Bu okullar; 1975 yılında eğitime başlayan Ege Üniversitesi İktisadi ve Ticari Bilimler Fakültesi Muhasebe Ön Lisans Yüksekokulu, Gençlik ve Spor Bakanlığı’na bağlı üç yıllık Gençlik ve Spor Akademisi ve Demirci ilçesinde Öğretmen Lisesi bünyesinde kurulan Milli Eğitim Bakanlığı’na bağlı iki yıllık Eğitim Enstitüsü'dür. Üniversiteye, 3. Cumhurbaşkanı, Milli Mücadele yıllarında Atatürk'ün yanında silah arkadaşı olarak yer alan, son Osmanlı Mebusan Meclisi'nde Saruhan Mebusluğu da yapmış olan Celal Bayar'ın adı verilmiştir. 9 Ocak 2015 tarihinde yapılan CBÜ Senato Toplantısı’nda üniversitenin adı "Manisa Celal Bayar Üniversitesi" olarak değiştirilmiştir.
1992’de Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Tıp Fakültesi kurulmuş ve daha önce Dokuz Eylül Üniversitesi’ne bağlı olan Manisa İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi adıyla, Demirci Eğitim Yüksekokulu fakülteye dönüştürülerek Eğitim Fakültesi adıyla, Buca Eğitim Fakültesi’ne bağlı Beden Eğitimi Bölümü Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu adıyla, Ege Üniversitesi’ne bağlı olan Akhisar Tütün Eksperliği Yüksekokulu Tütün Eksperliği Yüksekokulu adıyla, Alaşehir Meslek Yüksekokulu, Sağlık Meslek Yüksekokulu, Salihli Meslek Yüksekokulu, Sosyal Bilimler, Fen Bilimleri ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri de bu yapıya eklenmiştir.
1994 yılında Ahmetli Meslek Yüksekokulu, Demirci Meslek Yüksekokulu, Gördes Meslek Yüksekokulu, Gölmarmara Meslek Yüksekokulu, Kırkağaç Meslek Yüksekokulu, Saruhanlı Meslek Yüksekokulu, Soma Meslek Yüksekokulu, Köprübaşı Meslek Yüksekokulu ve Turgutlu Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Gölmarmara Meslek Yüksekokulu, 2012’de Manisa Organize Sanayi Bölgesi Meslek Yüksekokulu adını alarak Manisa merkeze taşınmış; 2013-2014 öğretim yılında ise adı Manisa Meslek Yüksekokulu olarak değiştirilmiştir.
1996’da Sağlık Yüksekokulu, 1999’da Kula Meslek Yüksekokulu, 2000’de Akhisar Meslek Yüksekokulu ve Sarıgöl Meslek Yüksekokulu eğitime kazandırılmış, 1997’de Akhisar Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu adıyla kurulan yüksekokulun adı, 2005'te Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu olarak değiştirilmiştir.
2012 yılında Hasan Ferdi Turgutlu Teknoloji Fakültesi, İşletme Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Tasarım ve Mimarlık Fakültesi ve Diş Hekimliği Fakültesi kurulmuştur. Bunlardan Hasan Ferdi Turgutlu Teknoloji Fakültesi, İşletme Fakültesi ve İlahiyat Fakültesi eğitim hayatına başlamıştır. 2016 yılında 'Celal Bayar Üniversitesi' ismi kanun ile 'Manisa Celal Bayar Üniversitesi' olarak değiştirilmiştir.
Manisa Celal Bayar Üniversitesi, 15 fakülte, 2 yüksekokul, 15 meslek yüksekokulu, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 23 araştırma ve uygulama merkezi, 1 araştırma ve uygulama hastanesi ile 16 yerleşkede eğitim ve öğretime devam etmektedir. Üniversite, Ege Bölgesi'nin en büyük üç üniversitesinden biridir. Simge olarak Manisa lalesini (Tulipa orphanidea) seçen üniversitede 1.581 akademisyen görev yapmakta ve 48.607 öğrenci eğitim almaktadır.
Türkiye'nin ve Ege Bölgesi'nin tarihi ve kültürel dokusu en zengin illerinden biri olan Manisa, Celal Bayar Üniversitesi’nin bilimsel çalışma ve araştırmaları ile gelecekte de daima ön planda olacak ve bir üniversite şehri olarak anılacaktır. Manisa Celal Bayar Üniversitesi, yükseköğretim kurumlarına verilen, kurumların kalitesini ve saygınlığını artıran, uluslararası güvenilirlik sağlayan belgeler olan “Diploma Eki Etiketi”ne sahiptir. MÜDEK akreditasyonu olan Mühendislik Fakültesi ile UTEAK akreditasyonu olan Tıp Fakültesi uluslararası geçerliliği olan diplomalar vermektedir.