Muş Alparslan Üniversitesi'ne ulaşım çeşitli yöntemlerle sağlanabilir. Şehir merkezinden hareket eden otobüslerle, Muş-Diyarbakır (Kulp) Yolu üzerinde bulunan külliyeye kolaylıkla ulaşılabilir. Ayrıca, şehir merkezine 17 km uzaklıkta bulunan Muş Sultan Alparslan Havalimanı, havayoluyla seyahat etmek isteyenler için bir seçenek sunar. Havalimanı, İstanbul'a, Ankara'ya ve diğer bazı şehirlere düzenli seferler düzenlemektedir.
Karayoluyla seyahat etmek isteyenler için, Diyarbakır, Elazığ, Erzurum ve Van gibi çevre illerden Muş'a düzenli otobüs seferleri bulunmaktadır. Ayrıca, Elazığ ve Erzurum'a VIP özel firma araçlarıyla daha hızlı bir şekilde ulaşım sağlanabilir.
Demiryoluyla seyahat etmek isteyenler için, Muş'tan Ankara yönüne Salı ve Perşembe günleri saat 12.10'da hareket eden Van Gölü Ekspresi gibi tren seferleri bulunmaktadır. Ayrıca, Elazığ-Tatvan arasında işleyen posta treni de belirli günlerde sefer düzenlemektedir.