Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarihinde 21281 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan 3837 sayılı Kanun’un Ek 22. maddesine göre Niğde Üniversitesi adıyla kurulmuştur. Üniversite, Selçuk Üniversitesi’ne bağlı olan Niğde Eğitim Yüksekokulu'nun Eğitim Fakültesi’ne dönüştürülmesi, Niğde Meslek Yüksekokulu, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Aksaray Meslek Yüksekokulu’nun bünyesine katılmasıyla kurulmuştur. Aynı kanunla, Niğde’de Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Fen Bilimleri Enstitüsü; Aksaray’da ise İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Ortaköy Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.
1992 yılında kurulan Bor Meslek Yüksekokulu, 1993 yılında üniversiteye bağlanmıştır. Ayrıca Niğde Zübeyde Hanım Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu (1993), Ulukışla Meslek Yüksekokulu (1994) ve Çamardı Meslek Yüksekokulu (1995) açılmıştır. Aksaray’da Eğitim Fakültesi (1996), Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu (1996), Şereflikoçhisar Meslek Yüksekokulu (1997) ve Fen-Edebiyat Fakültesi (1999) açılmıştır.
1996 yılında Niğde Zübeyde Hanım Sağlık Yüksekokulu, 1999 yılında Bor Halil Zöhre Ataman Meslek Yüksekokulu ve 2000 yılında Türk Musikisi Devlet Konservatuvarı kurulmuştur. Aksaray ve ilçelerindeki tüm fakülte ve yüksekokullar, 2006 yılında Aksaray Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Çamardı Meslek Yüksekokulu (2005) kapatılarak bölümleri ve öğrencileri Ulukışla Meslek Yüksekokulu’na aktarılmıştır.
2009 yılında Niğde Meslek Yüksekokulu, Niğde Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu ve Niğde Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu olarak ikiye ayrılmış, 2010 yılında Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur. Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, 2010 yılında Mühendislik Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi olarak ayrılmıştır. Ayrıca Eğitim Bilimleri Enstitüsü (2011), Tarım Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi (2011), İletişim Fakültesi (2011), İslami İlimler Fakültesi (2014), Tıp Fakültesi (2015) ve Güzel Sanatlar Fakültesi (2016) kurulmuştur.
Üniversitenin adı, 15 Temmuz 2016 darbe girişiminde şehit düşen Astsubay Kıdemli Başçavuş Ömer Halisdemir’in anısını yaşatmak amacıyla 7 Eylül 2016 tarihli ve 6745 sayılı Kanun’un 20. maddesi ile Ömer Halisdemir Üniversitesi olarak değiştirilmiş; 1 Temmuz 2017 tarihli ve 7033 sayılı Kanun’un 24. maddesi ile Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi olmuştur.
Üniversiteye bağlı olarak Sağlık Bilimleri Enstitüsü (2018), Bor Sağlık Bilimleri Fakültesi (2018), Diş Hekimliği Fakültesi (2019) kurulmuş, Beden Eğitimi ve Spor Bilimleri Yüksekokulu kapatılarak Spor Bilimleri Fakültesi (2019) oluşturulmuştur.
Bugün Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 14 fakülte, 2 yüksekokul, 1 konservatuvar, 4 enstitü, 6 meslek yüksekokulu ve 15 araştırma ve uygulama merkezi ile eğitim-öğretim ve araştırma-geliştirme faaliyetlerini sürdürmektedir.