Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, 20 Temmuz 1982 tarihinde 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Ancak, Türkiye'nin doğu bölgesinde bir üniversite kurulması girişimleri çok daha öncelere dayanmaktadır. Van'da bir üniversite kurulması fikri, Cumhuriyet öncesine kadar uzanmaktadır. Osmanlı Padişahı II. Abdülhamit, 3 Ekim 1905'te Van'daki boş bir arsaya medrese ve tekke inşası için izin vermiştir. 1913'te Van'da bir darülfünun (üniversite) açılması için inşa masraflarının karşılanması kararı da bu bölgedeki yükseköğretim arzularını yansıtmaktadır.
Cumhuriyet döneminde, dönemin Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal Atatürk'ün girişimleriyle, Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey 1927'de Van'a gönderilmiştir ve burada bir üniversite kurulmasının gerekli olduğu tespit edilmiştir. 1928 yılında Van'da bir lise açılarak, gelecekteki üniversitenin temelleri atılmıştır. Atatürk, 1 Kasım 1937'deki TBMM açış nutkunda, doğu bölgesinde modern bir kültür şehri oluşturulması gerektiğini vurgulamış ve Van'da bir üniversite kurulması için çalışmalar başlatılmıştır.
1951 yılında, Milli Eğitim Bakanlığı tarafından aralarında Prof. Dr. Afet İnan'ın da bulunduğu bir heyet, Doğu Üniversitesi'nin yeri konusunda incelemeler yapmış ve merkezi Van olacak şekilde bir üniversite kurulmasını önermiştir. Ancak bu dönemlerde Van, diğer şehirler gibi yeni üniversiteler veya fakülteler açılan iller arasında yer alamamıştır.
1968 yılında kurulan Van Üniversite ve Yüksekokulları Kurma ve Yaşatma Derneği, Erzurum Atatürk Üniversitesi'ne bağlı bir fakültenin Van'da açılması ve daha sonra ayrı bir üniversite haline dönüştürülmesi için çalışmalar yürütmüştür. 1981 yılında oluşturulan bir heyet, Devlet Başkanı Kenan Evren ile görüşerek Van'da bir üniversite kurulacağı müjdesini almıştır.
6 Kasım 1981 tarihinde, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun çıkarılmasından yaklaşık 8,5 ay sonra, 20 Temmuz 1982 tarihinde 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi resmen kurulmuştur. Üniversitenin kuruluşunda ve gelişmesinde maddi ve manevi katkılarda bulunan herkese minnet ve şükran borçludur. Üniversite, 17 fakülte, 5 enstitü, 4 yüksekokul, 9 meslek yüksekokulu, 1 konservatuar ve 43 uygulama ve araştırma merkezi ile eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Merkez Zeve Kampüsü, Van Gölü kenarında şehir merkezine 15 km mesafede yer alırken, Gevaş, Özalp ve Erciş ilçelerinde de eğitim faaliyetleri yürütülmektedir. Üniversitenin adı, 18 Haziran 2017 tarih ve 7033 sayılı kanun gereğince Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi olarak değiştirilmiş ve bu değişiklik 1 Temmuz 2017 tarih ve 30111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.