Balıkesir Üniversitesi, köklü bir geçmişe sahip olup, temelleri 1910 yılında kurulan Karesi Muallim Mektebine dayanmaktadır. Bu okul, dönemin Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey'in özel ilgileri ile 1932 yılında bugün Necatibey Eğitim Fakültesi olarak faaliyet gösteren binaya taşınmış ve Necatibey Öğretmen Okulu adını almıştır. Necatibey Öğretmen Okulu, 1932-1982 yılları arasında Necatibey Eğitim Enstitüsü adıyla öğretmen yetiştirmeye devam etmiş, 1981 yılında üç yıllık statüsünden çıkarılarak, dört yıllık “Yüksek Öğretmen Okulu” statüsüne alınmıştır. 1982 yılında ise Uludağ Üniversitesine bağlanarak Necatibey Eğitim Fakültesi ismini almıştır.
1982 yılında 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Balıkesir'de bulunan diğer yükseköğretim kurumları da Uludağ Üniversitesine bağlanmıştır. Bu kurumlar arasında Balıkesir İşletmecilik ve Turizm Yüksekokulu, Balıkesir Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu adı altında, Balıkesir Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi ise Balıkesir Mühendislik Fakültesi adı altında yer almıştır. Balıkesir Meslek Yüksekokulu ise aynı isimle faaliyetlerine devam etmiştir. Uludağ Üniversitesinin çatısı altında on yıl boyunca gelişen bu kurumlar, Balıkesir Üniversitesi için güçlü bir altyapı oluşturmuştur. Balıkesir Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 3837 sayılı kanun gereğince kurulmuş olup, 1 Ocak 1993 tarihinde tüzel kişilik kazanmıştır.
Balıkesir Üniversitesi, güçlü bir gelişim göstermiş ve bünyesinden yeni bir üniversite doğmasına da fırsat vermiştir. 2015 yılında kurulan Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesi, Balıkesir Üniversitesi'nin belirlenen akademik birimlerinin altyapısını kullanarak faaliyetlerine başlamıştır. Balıkesir Üniversitesi, kuruluşundan bu yana geniş bir akademik yelpazede eğitim ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir.