Gümüşhane Üniversitesi, 31 Mayıs 2008 tarih ve 26892 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 5765 sayılı Kanun ile kurulmuştur. Üniversite, yeni kurulan İletişim Fakültesi ve Karadeniz Teknik Üniversitesi’ne (KTÜ) bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek Rektörlüğe bağlanan Gümüşhane Mühendislik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Gümüşhane Sağlık Yüksekokulu, Gümüşhane Meslek Yüksekokulu, Şiran Meslek Yüksekokulu, Gümüşhane Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Erzincan Üniversitesi Rektörlüğü’ne bağlı iken adı ve bağlantısı değiştirilerek Rektörlüğe bağlanan Kelkit Aydın Doğan Meslek Yüksekokulu ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. Ayrıca, üniversiteye bağlı olarak yeni kurulan Lisansüstü Eğitim Enstitüsü de bu süreçte faaliyete geçmiştir.
Gümüşhane Üniversitesi, kurulduğu günden itibaren sürekli olarak büyümüş ve yeni fakülteler, yüksekokullar ve meslek yüksekokulları ile bölümler açmıştır. 26 Nisan 2013 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile Mühendislik Fakültesi'nin adı Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi olarak değiştirilmiş, 16 Mayıs 2013 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ile Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu kapatılarak yerine Turizm Fakültesi kurulmuştur. 8 Nisan 2016 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanan Bakanlar Kurulu Kararı ile Gümüşhane Sağlık Yüksekokulu kapatılarak yerine Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur.
Üniversite bünyesine eklenen diğer fakülteler ve yüksekokullar arasında İlahiyat Fakültesi, Edebiyat Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, Kelkit Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, İrfan Can Köse Meslek Yüksekokulu, Kürtün Meslek Yüksekokulu, Torul Meslek Yüksekokulu, Şiran Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu bulunmaktadır. Üniversitede ayrıca çeşitli uygulama ve araştırma merkezleri de faaliyet göstermektedir. Bu merkezler arasında Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, Organik Tarım Uygulama ve Araştırma Merkezi, Merkezi Araştırma Laboratuvarı Uygulama ve Araştırma Merkezi, Tıbbi Bitkiler ve Geleneksel İlaçlar Uygulama ve Araştırma Merkezi, Eğitim Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi, Dil Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Ahmed Ziyaüddin Gümüşhanevi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Teknoloji Transfer Ofisi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Kariyer Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi, Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, İş Sağlığı ve Güvenliği Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi ve Madencilik Uygulama ve Araştırma Merkezi yer almaktadır.
Gümüşhane Üniversitesi, 1 enstitü, 7 fakülte, 2 yüksekokul, 10 meslek yüksekokulu ve 13 araştırma ve uygulama merkezi ile eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Ayrıca, rektörlüğe bağlı olarak Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi, Türk Dili, Beden Eğitimi, Enformatik, Yabancı Diller ve Güzel Sanatlar bölümleri bulunmaktadır. Üniversite, sürekli büyüyen akademik kadrosu ve genişleyen eğitim-öğretim olanakları ile öğrencilere kaliteli bir eğitim sunmayı hedeflemektedir.