Kapadokya Üniversitesi, Kapadokya Meslek Yüksekokulu’nun on üç yıllık akademik, finansal ve yönetsel deneyiminin temelinde yükselmektedir. Kapadokya Meslek Yüksekokulu, eğitim-öğretim faaliyetlerine 2005-2006 akademik yılında, Ürgüp ilçesinin Mustafapaşa Köyü'nde 5 program ve 68 öğrenciyle başlamıştır.
Üniversite, bölge kalkınma hedefleri doğrultusunda doğrudan yapılanan ilk vakıf yükseköğretim kurumu olarak Nevşehir, Kayseri, Aksaray, Kırşehir ve Niğde’den oluşan Büyük Kapadokya’nın sürdürülebilir kalkınma potansiyelini ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır. Küçük ve orta ölçekli işletmelerin ülke ve AB ekonomisine entegre olabilmesi için gerekli nitelik ve nicelikte ara eleman yetiştirme misyonu taşımaktadır.
Kapadokya Üniversitesi'nin mesleki eğitim programları, Selçuklu dönemindeki Ahi, Osmanlı dönemindeki Lonca teşkilatlarında uygulanan usta-çırak ilişkisini anımsatan, uygulama ağırlıklı yöntemlerle yürütülmekte ve modern pedagoji anlayışı ile desteklenmektedir. Eğitim programları, sektör talepleri ve gelişmeler doğrultusunda sürekli güncellenmekte ve teorik eğitim uygulama ile pekiştirilmektedir.
Üniversitenin benimsediği “çıkış noktası itibariyle evrensel, uygulamasıyla milli” öğretim yöntemi, Türkiye’nin ihtiyaç duyduğu soyut, kavramsal bilgiyi üretme ve somut üretime dönüştürme üzerine kuruludur. Bu yaklaşım, akademik ve mesleki alanların birbirini destekleyen iki sütun üzerinde yükselmesini sağlamaktadır. Meslek yüksekokulları, lisans ve lisansüstü eğitim veren öğretim üyelerinin fakültelerdeki görevlerinden arta kalan zamanlarda değil, soyut bilgiyi reel üretime çevirip somutlaştırabilen önemli birimler olarak konumlandırılmaktadır.