Üniversitenin eğitim sistemi, teorik dersler ile uygulamalı eğitimleri harmanlayarak öğrencilerin teorik bilgilerini pratikte kullanabilmelerini sağlamaktadır. Araştırma ve uygulama merkezleri, öğrencilerin çeşitli alanlarda araştırma yapmalarına ve projeler geliştirmelerine olanak tanımaktadır. Bu merkezler arasında Teknoloji Transfer Ofisi, Bilimsel Araştırmalar Projeleri, Alüminyum Test Eğitim ve Uygulama Merkezi, Biyomedikal Elektronik Tasarım Uygulama ve Araştırma Merkezi ve Eğitimde Mükemmeliyet Araştırma ve Uygulama Merkezi gibi birçok önemli birim bulunmaktadır.
Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi, ayrıca uzaktan eğitim olanakları ile de dikkat çekmektedir. Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, öğrencilere uzaktan eğitim yoluyla derslere katılma ve eğitimlerini sürdürme imkanı sunmaktadır. Bu sistem, özellikle çalışan öğrenciler ve İstanbul dışında yaşayanlar için büyük bir avantaj sağlamaktadır.
Üniversitenin öğrenci odaklı yaklaşımı, öğrencilere akademik ve kişisel gelişimlerini destekleyecek çeşitli imkanlar sunmaktadır. Öğrenci işlerinden sağlık, kültür ve spor daire başkanlıklarına kadar birçok birim, öğrencilerin ihtiyaçlarına yönelik hizmetler sunmaktadır. Kariyer Merkezi, öğrencilere kariyer planlaması ve iş bulma süreçlerinde destek olmaktadır.
