Kırklareli Üniversitesi, 29 Mayıs 2007 tarihinde 5662 sayılı Kanunla kurulmuş ve Resmi Gazetede yayımlanarak resmen faaliyetlerine başlamıştır. Kuruluşundan bu yana geçen sürede hızla büyüyen ve gelişen üniversite, bugün 12 fakülte, 3 enstitü, 1 yüksekokul, 1 konservatuvar, 7 meslek yüksekokulu ve 16 uygulama ve araştırma merkezi ile geniş bir akademik yelpazede eğitim ve araştırma faaliyetlerini sürdürmektedir.
Lisans eğitim birimleri, Kırklareli Üniversitesi'nin çeşitli disiplinlerde eğitim veren fakültelerini kapsamaktadır. 29 Mayıs 2007 tarihinde kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi ve İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, üniversitenin ilk fakülteleridir. Teknoloji Fakültesi ve Turizm Fakültesi 2009 yılında, Mühendislik Fakültesi 2011 yılında, İlahiyat Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi ise sırasıyla 2012 yılında kurulmuştur. 2016 yılında Hukuk Fakültesi ve Lüleburgaz Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi eklenmiştir. Tıp Fakültesi 2018 yılında, Uygulamalı Bilimler Fakültesi 2020 yılında, Sağlık Bilimleri Fakültesi ise 2021 yılında kurulmuştur. Ayrıca, 2010 yılında kurulan Yabancı Diller Yüksekokulu ve 2013 yılında kurulan Devlet Konservatuvarı da lisans düzeyinde eğitim veren önemli birimler arasında yer almaktadır.
Ön lisans eğitim birimleri ise, Kırklareli Üniversitesi'nin meslek yüksekokullarıdır. Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Lüleburgaz Meslek Yüksekokulu, Babaeski Meslek Yüksekokulu, Pınarhisar Meslek Yüksekokulu ve Vize Meslek Yüksekokulu, üniversitenin ilk kurulan meslek yüksekokullarıdır ve hepsi 2007 yılında faaliyete geçmiştir.
Kırklareli Üniversitesi'nin misyonu, bilgiye ulaşmayı, üretmeyi, paylaşmayı ve uygulamayı evrensel boyutlara taşıyan, bilimsel, teknolojik ve kültürel birikime katkıda bulunan bireyler yetiştirmektir. Dinamik ve tecrübeli akademik kadrosu ile yaratıcı, sorgulayıcı, araştırıcı, liderlik vasıflarına sahip, işine kendini adamış, yetkin ve özgüven sahibi bilinçli bireyler yetiştirmek, üniversitenin temel hedefleri arasındadır. Vizyonu ise, ülkenin ve bölgenin hedefleri ile paydaşlarının beklentilerine hizmet etmek amacıyla yenilikçi, kendine güvenen, çevresine güven veren, etik ve evrensel değerlere bağlı bireyler yetiştirmektir. Ayrıca, eşit, özgür ve katılımcı bir çalışma ortamında üretilen bilimsel faaliyetler ile saygı duyulan bir bölge üniversitesi olmayı amaçlamaktadır.