Yüksek İhtisas Üniversitesi, 02 Ağustos 2013 tarihinde 28726 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 6495 sayılı kanunun 11. maddesi ile kurulmuştur. Üniversite, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu'nun Vakıf Yükseköğretim Kurumlarına ilişkin hükümlerine tabidir ve kamu tüzel kişiliğine sahip bir vakıf üniversitesidir.
Üniversite, 2015 yılında Tıp Fakültesi'nde 51 öğrenci ile eğitim-öğretim faaliyetlerine başlamıştır. 2020-2021 akademik yılında Tıp Fakültesi ilk mezunlarını vermiştir. 2016 yılında Sağlık Bilimleri Fakültesi bünyesinde Beslenme ve Diyetetik ile Fizyoterapi ve Rehabilitasyon bölümleri ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu'nda Tıbbi Dokümantasyon ve Sekreterlik Önlisans Programı açılmıştır. Bu önlisans programı, 2018 yılında ilk mezunlarını vermiştir. 2017-2018 akademik yılında Sağlık Bilimleri Fakültesi bünyesinde Hemşirelik ve Sağlık Yönetimi bölümleri eklenmiş ve dört bölümde öğretim yapılmaya başlanmıştır. Aynı yıl Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu'nda Elektronörofizyoloji ve Ameliyathane Hizmetleri programları, 2018-2019 akademik yılında ise Anestezi Önlisans Programı açılmıştır. Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2016-2017 akademik yılında Anatomi Tezli Yüksek Lisans Programı ile eğitime başlamış, 2017-2018 akademik yılında İç Hastalıkları Hemşireliği ve Tıbbi Mikrobiyoloji Tezli Yüksek Lisans Programları, 2018-2019 eğitim-öğretim döneminde ise Tıbbi Genetik Tezli Yüksek Lisans Programı açılmıştır.
2023-2024 eğitim-öğretim döneminde üniversite, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu'na dört, Meslek Yüksekokulu'na ise iki yeni önlisans programı eklemiştir. Bu programlar Biyomedikal Cihaz Teknolojisi, Optisyenlik, Tıbbi Laboratuvar Teknikleri ve Tıbbi Tanıtım ve Pazarlama, Bilgisayar Programcılığı ve Eczane Hizmetleri'dir. 2019-2020 akademik yılı itibariyle sekiz Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve iki Meslek Yüksekokulu olmak üzere toplam on farklı ön lisans programında tekniker yetiştirilmektedir.
Üniversite, 2023-2024 akademik yılında Medical Park ve Liv Hastaneler Grubu ile iş birliği anlaşması imzalamıştır. Bu iş birliği, klinik dallarda eğitim ve uygulama imkanlarını genişletmeyi amaçlamaktadır.
Yüksek İhtisas Üniversitesi, Ankara'da "Ortak Akıl Üniversitesi" sloganıyla eğitim faaliyetlerini sürdürmekte olup, sağlık bilimlerinde öncü bir üniversite olma hedefiyle çalışmalarına devam etmektedir.