Başkent Üniversitesi, Prof. Dr. Mehmet Haberal tarafından kurulan Türkiye Organ Nakli Yanık ve Tedavi Vakfı, Diyaliz Merkezi, ilk hastane ve Haberal Eğitim Vakfı'nın ardından, 14 Eylül 1993 tarihli Kanun Hükmünde Kararnameye dayalı olarak 13 Ocak 1994 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 3961 sayılı Kanun ile kurulmuştur. Üniversitenin amacı, bilgi çağının gereksinimlerine uygun, çeşitli alanlarda bilgili, deneyimli, araştırmacı ve çevreye duyarlı bireyler yetiştirmektir.
Başkent Üniversitesi, 1994-1995 eğitim-öğretim yılında Tıp Fakültesi, Hemşirelik Yüksekokulu ve Biyomedikal Cihaz Teknolojisi Meslek Yüksekokulu ile eğitim faaliyetlerine başlamış ve 1995-1996 eğitim-öğretim yılında Bağlıca Kampüsüne taşınmıştır. Kaliteli sağlık hizmetleri ve eğitimini yaygınlaştırma amacıyla ilk Uygulama ve Araştırma Merkezi 1994'te İzmir'de açılmıştır.
1998-1999 eğitim-öğretim yılında Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde lisansüstü programlar açılmış ve Ayşeabla Koleji, Başkent Üniversitesi bünyesine katılmıştır. 1994'te başlayan eğitim-öğretim faaliyetleri, günümüzde 11 fakülte, 1 devlet konservatuvarı, 6 meslek yüksekokulu, 7 enstitü ve Yabancı Diller Yüksekokulu ile sürdürülmektedir.
Üniversite bünyesinde, çeşitli araştırma ve uygulama merkezleri bulunmaktadır. Sağlık araştırma ve uygulama merkezleri arasında Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi, Adana Dr. Turgut Noyan Uygulama ve Araştırma Merkezi, Alanya, Konya, İstanbul ve İzmir Zübeyde Hanım Uygulama ve Araştırma Merkezleri yer almaktadır. Diğer destek birimleri arasında Kalite Yönetim Temsilciliği, Kariyer Yönlendirme Merkezi ve Uluslararası İlişkiler Koordinatörlüğü bulunmaktadır.
Başkent Üniversitesi, Bağlıca Kampüsü başta olmak üzere üç kampüste eğitim faaliyetlerini yürütmektedir. Uygulama otelleri olan Kızılcahamam Patalya Termal Resort ve Gölbaşı Patalya Lakeside Resort Otelleri, öğrenci eğitim faaliyetlerine hizmet vermektedir. Üniversite, sağlık ve eğitim faaliyetlerinde ISO Kalite Belgesi alan ilk vakıf üniversitesidir ve çeşitli uluslararası kalite ödüllerine layık görülmüştür.
Akademik programlarda Bologna Süreci kapsamında Diploma Eki Etiketi ve Avrupa Kredi Transfer Sistemi (AKTS) Etiketine sahiptir. 2017 yılında Tıp Fakültesi ve bazı araştırma merkezleri ulusal ve uluslararası akreditasyonlar almıştır. Diploma Eki çalışmaları 2005-2006 yılından itibaren tamamlanmış ve Europass Etiketi kullanılmaya başlanmıştır.