Yüksek İhtisas Üniversitesi, Ankara'da iki ana kampüse sahiptir: Balgat ve Çukurambar.
Balgat Kampüsü: Balgat Mahallesi'nde yer alan bu kampüs, üniversitenin merkez kampüsü olup, idari birimlerin ve sağlık bilimleri fakültelerinin büyük bir kısmına ev sahipliği yapmaktadır. Kampüs içerisinde modern derslikler, laboratuvarlar ve araştırma merkezleri bulunmaktadır. Ayrıca, öğrencilerin sosyal ve akademik ihtiyaçlarını karşılayabilecek kütüphane, yemekhane ve spor tesisleri mevcuttur.
Çukurambar Kampüsü: Çukurambar Mahallesi'nde bulunan bu kampüs, özellikle sağlık hizmetleri uygulama alanlarına odaklanmıştır. Bu kampüste, öğrencilerin pratik eğitim alabilecekleri hastane ve klinikler yer almaktadır. Aynı zamanda, bu kampüs çeşitli konferans ve seminerlerin düzenlendiği geniş salonlara sahiptir.