Tarsus Üniversitesi'nin temelleri, 1992 yılında Mersin Üniversitesi'ne bağlı olarak kurulan Tarsus Meslek Yüksekokulu ve Tarsus Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile atılmıştır. 2001 yılında Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi, 2005 yılında Tarsus Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, 2009 yılında Tarsus Teknoloji Fakültesi ve 2015 yılında Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi kurulmuştur. Tarsus Üniversitesi, 18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan 7141 sayılı “Yükseköğretim Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun" ile kurulmuştur. Bu kanun ile Mersin Üniversitesi'ne bağlı olan bu akademik birimler Tarsus Üniversitesi'ne bağlanmış, ayrıca İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü kurulmuştur:
18 Nisan 2019 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 17 Nisan 2019 tarih ve 968 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Mühendislik Fakültesi kurulmuştur. 25 Haziran 2019 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 24 Haziran 2019 tarih ve 1157 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu kapatılarak Uygulamalı Bilimler Fakültesi kurulmuştur. 8 Ocak 2020 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 7 Ocak 2020 tarih ve 2036 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur. 21 Mayıs 2020 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu kararı ile Mersin Tarsus Organize Sanayi Bölgesi Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. 29 Haziran 2021 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 28 Haziran 2021 tarih ve 4180 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur.
Böylelikle, Tarsus Üniversitesi; 1 enstitü, 7 fakülte, 1 yüksekokul ve 3 meslek yüksekokulundan oluşmaktadır. Bu akademik birimler, üniversitenin eğitim-öğretim, araştırma ve kamu hizmeti faaliyetlerini sürdürmesine olanak tanımaktadır. Üniversite, kuruluşundan bu yana kısa süre içinde önemli gelişmeler kaydetmiş ve bölgesel kalkınmaya katkı sağlama hedefi doğrultusunda önemli adımlar atmıştır.