İstanbul Esenyurt Üniversitesi'nin eğitim sistemi, öğrencilere lisans, yüksek lisans ve doktora düzeyinde çeşitli programlar sunarak kapsamlı bir akademik yapı sağlamaktadır. Üniversitenin fakülteleri arasında Mühendislik ve Mimarlık Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, İşletme ve Yönetim Bilimleri Fakültesi ve Sanat ve Sosyal Bilimler Fakültesi yer almaktadır. Bu fakülteler, öğrencilerin alanlarında teorik bilgi ve pratik beceriler kazanmalarına olanak tanıyan lisans programları sunmaktadır.
Yüksek lisans ve doktora programları, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesinde yürütülmekte olup, öğrencilerin akademik ve profesyonel kariyerlerine katkı sağlayacak şekilde tasarlanmıştır. Yüksek lisans programlarında tezli ve tezsiz seçenekler mevcut olup, doktora programları ileri düzey araştırma ve akademik çalışmalar için imkan tanımaktadır.
Üniversite, uzaktan eğitim olanakları da sunarak, internet üzerinden erişilebilen ders materyalleri ve çevrimiçi eğitim imkanları ile esnek bir öğrenme ortamı sağlamaktadır. Bu sistem, özellikle çalışan veya farklı şehirlerde yaşayan öğrenciler için uygun bir eğitim modeli sunmaktadır.
Çift anadal ve yandal programları, öğrencilerin aynı anda iki farklı lisans programını tamamlamalarını veya belirli bir alanda uzmanlaşmalarını sağlamaktadır. Bu programlar, öğrencilerin akademik ve mesleki gelişimlerine katkıda bulunmayı amaçlamaktadır.
İstanbul Esenyurt Üniversitesi'nin akademik takvimi, güz ve bahar dönemlerinden oluşmakta olup, öğrenci başarıları ders performanslarına göre değerlendirilmektedir. Genel not ortalaması (GNO) hesaplamaları ve başarı kriterleri, öğrencilerin akademik ilerlemelerini takip etmelerini sağlamaktadır.