Tıp Fakültesi'nde eğitim entegre sistem ile yürütülmektedir. Dersler Dönem I, II ve III'de konulara göre verilir. Örneğin, belirli bir konu ele alındığında, bu konuyla ilgili temel tıp bilimleri dersleri entegre olarak sunulmaktadır. Dördüncü ve beşinci dönemler klinik stajlara ayrılmıştır. Eğitim boyunca öğrencilere mesleki beceri ve tutum kazandırmayı amaçlayan programlar sunulmaktadır.
AKTS, öğrencinin iş yüküne dayalı bir kredi sistemidir ve bir akademik yıl boyunca 36-40 hafta süresince 25-30 saatlik çalışma yükünü kapsar. Bu sistem, belirlenen öğrenim çıktılarının ve kazanımlarının gerçekleşmesini sağlar. İSTÜN'de tüm programlarda bu çıktılar ve kazanımlar dikkate alınarak dersler planlanmakta ve kredilendirilmektedir.
Türkiye Yeterlilikler Çerçevesi (TYÇ), Avrupa Yeterlilikler Çerçevesi (EQF) ile uyumlu olarak tasarlanmıştır. TYÇ, ülkemizdeki tüm eğitim seviyelerinde kazanılan yeterlilikleri kapsamaktadır. İSTÜN, bu çerçeveleri referans alarak eğitim programlarını yapılandırmıştır ve öğrencilere ulusal ve uluslararası düzeyde tanınan yeterlilikler kazandırmaktadır.