2018 yılı itibarıyla İstanbul Üniversitesi, 23 fakülte, 17 enstitü, 2 yüksekokul, 7 meslek yüksekokulu, 44 araştırma merkezi ve 12 yerleşke ile Türkiye’nin en eski ve en büyük üniversitesi konumundaydı. Üniversite, 6000’e yaklaşan öğretim üyesi, 12.000 idari personel ve 170.000’i aşkın lisans öğrencisiyle büyük bir akademik camiaya ev sahipliği yapıyordu. Ancak, bu büyüme süreci zamanla çeşitli sorunları da beraberinde getirdi. Kentlerin kalabalıklaşması, nüfus artışı, ulaşım ve yerleşim problemleri ile büyük üniversitelerin yönetiminde karşılaşılan idari, mali, akademik ve eğitim-öğretim sorunları gündeme geldi.
Bu durum, büyük üniversitelerin bölünmesi konusunu gündeme taşıdı. Milli Eğitim Bakanlığı ve Yüksek Öğretim Kurulu, bu konuda çalışmalar başlattı ve konu uzun süre TBMM Milli Eğitim Komisyonunda görüşüldü. Sonuç olarak, TBMM’de 9 Mayıs 2018 tarihinde kabul edilerek 18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 7141 sayılı "Yükseköğretim Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun"un Ek 182. maddesi uyarınca "İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa" adıyla yeni bir üniversitenin kurulmasına karar verildi.
Bu yasal düzenleme ile İstanbul Üniversitesinin bazı fakülteleri ve birimleri ayrılarak İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa çatısı altında toplanmıştır. Günümüzde İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, 2313 akademik ve 4481 idari personel olmak üzere toplam 6794 personel ile 32.912 öğrenciye hizmet vermektedir. Üniversite, Avcılar, Bahçeköy, Bakırköy, Büyükçekmece, Cerrahpaşa, Haseki, Sultangazi ve Şişli olmak üzere 8 yerleşkede faaliyetlerini sürdürmektedir.
Bugün İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa bünyesinde 12 fakülte, 6 enstitü, 1 yüksekokul, 5 meslek yüksekokulu ve 17 uygulama ve araştırma merkezi bulunmaktadır. Bu yapılanma ile üniversite, eğitim-öğretim, araştırma ve topluma hizmet alanlarında daha etkin ve verimli bir şekilde faaliyet göstermeyi hedeflemektedir.
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, bünyesinde 12 fakülte, 6 enstitü, 1 yüksekokul, 5 meslek yüksekokulu ve 17 araştırma merkezi barındırmaktadır. Bu kapsamlı yapılanma ile üniversite, çeşitli bilimsel ve akademik alanlarda geniş bir yelpazede eğitim ve araştırma faaliyetleri yürütmektedir.
Cerrahpaşa Tıp Fakültesi, üniversitenin en önemli birimlerinden biridir ve en çok spesifik bilim dalını barındıran tıp fakültesi olarak bilinir. Ayrıca, birçok tıbbi teknolojik yeniliği ülkeye kazandırmasıyla tanınmaktadır. Üniversitenin logosunda kuruluş tarihi "1453" olarak belirtilirken, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi'nin kuruluş tarihi ise 2019 yılında üniversite senatosu tarafından alınan kararla 1827 olarak kabul edilmiştir.
26 Eylül 2017 tarihinde Cumhurbaşkanlığı Külliyesi'nde düzenlenen 2017-2018 Akademik Yılı Açılış Töreni'nde İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, YÖK tarafından yükseköğretime çeşitlilik kazandıran "Misyon Farklılaşması ve İhtisaslaşma Projesi" kapsamında belirlenen "Araştırma ve Aday Araştırma Üniversiteleri"nden biri olarak ilan edilmiştir.