Yüksek lisans programları iki yıllık olup tezli ve tezsiz seçenekler sunar. Tezli programlarda öğrenciler akademik araştırma yaparak tez yazar, tezsiz programlarda ise uygulamaya yönelik projeler gerçekleştirilir. Doktora programları ise dört yıllık bir süreçte ileri düzeyde araştırma yapmayı hedefler ve doktora yeterlilik sınavı, tez çalışması ve savunma aşamalarını içerir. Öğrencilerin akademik başarıları, ara sınavlar, final sınavları, projeler, sunumlar ve ödevler gibi çeşitli değerlendirme yöntemleri ile ölçülür. Her dersin değerlendirme kriterleri ders planında belirtilir ve öğrenciler ders başında bu kriterler hakkında bilgilendirilir.
İstinye Üniversitesi, teorik eğitimin yanı sıra pratik ve uygulamalı eğitime de büyük önem verir. Laboratuvar çalışmaları, staj programları ve iş dünyası ile işbirliği içinde gerçekleştirilen projeler, öğrencilerin gerçek dünya deneyimi kazanmalarına yardımcı olur. Bu uygulamalar, özellikle mühendislik ve işletme gibi alanlarda pratik becerilerin geliştirilmesine katkı sağlar. Eğitim sistemi, öğrencilerin akademik bilgi birikimini artırırken, onları iş hayatına hazırlamayı ve gerekli becerilerle donatmayı hedefler.
