Mersin Üniversitesi, üç farklı kampüste eğitim veren köklü bir eğitim kurumu olarak bilinir. Kent merkezine 14 kilometre uzaklıkta bulunan Çiftlikköy Merkez Kampüsü, 4 milyon metrekarelik geniş bir alana yayılmıştır. Bu kampüs, özgün mimari tasarımları ve modern düzenlemeleriyle dikkat çekerken, çeşitli fakülte, yüksekokul ve idari birimlere ev sahipliği yapar. Yine bu kampüste, Sağlık Araştırma ve Uygulama Hastanesi de hizmet vermektedir.
Yenişehir Kampüsü ise kent merkezinin batı yönünde yer alır ve denize yakın mesafesiyle tanınır. Sakin ve huzurlu bir ortam sunan bu kampüste, Eczacılık Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Mersin Meslek Yüksekokulu bulunmaktadır.
Tece Kampüsü ise Mersin-Antalya yolu sahil bandında konumlanmıştır ve deniz kenarındaki palmiye ağaçlarıyla çevrili bir alanda yer alır. Denizcilik Fakültesi ve Denizcilik Meslek Yüksekokulu'na ev sahipliği yapmasının yanı sıra, sosyal tesisler ve üniversite lojmanları da bu kampüste bulunur.
Ayrıca, Mersin Üniversitesi ilçelerde de çeşitli yerleşimlere sahiptir. Örneğin, Erdemli ilçesinde Erdemli Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu ve Erdemli Meslek Yüksekokulu, Silifke ilçesinde Silifke Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu ile Silifke Meslek Yüksekokulu gibi. Bu ilçelerdeki yerleşimler, bölgesel olarak eğitim olanakları sunarak üniversitenin kapsayıcılığını artırır.