Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi (ÇOMÜ), 3 Temmuz 1992 tarihinde 3837 sayılı kanunla kurulmuştur. Üniversite, 1992-93 Eğitim-Öğretim yılında Trakya Üniversitesi'nden devredilen Çanakkale Eğitim Fakültesi, Çanakkale Meslek Yüksekokulu ve Biga Meslek Yüksekokulu ile eğitim faaliyetlerine başlamıştır.
1993-94 Eğitim-Öğretim yılında Fen Edebiyat Fakültesi, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu ile Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu kurulmuş ve bu birimler öğretime başlamıştır. 1994-95 Eğitim-Öğretim yılında ise Biga İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Ayvacık Meslek Yüksekokulu, Bayramiç Meslek Yüksekokulu, Çan Meslek Yüksekokulu, Ezine Meslek Yüksekokulu, Gelibolu Meslek Yüksekokulu, Yenice Meslek Yüksekokulu, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sosyal Bilimler Enstitüsü eğitim hayatına katılmıştır. 1995-96 Eğitim-Öğretim yılında Ziraat Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi, İlahiyat Fakültesi ve Mühendislik-Mimarlık Fakültesi kurulmuş, 1996-97 Eğitim-Öğretim yılında Sağlık Yüksekokulu, 1998-99 Eğitim-Öğretim yılında Gökçeada Meslek Yüksekokulu ve 2000-01 Eğitim-Öğretim yılında Lapseki Meslek Yüksekokulu açılarak öğretime başlamıştır.
1997 yılında kurulan Güzel Sanatlar Fakültesi, ilk öğrencilerini 2000-2001 eğitim-öğretim yılında almıştır. 7 Ağustos 2000 tarihli Resmi Gazete'de yayınlanan Bakanlar Kurulu kararı ile Tıp Fakültesi'nin yasal süreci tamamlanmış ve bu fakülte de eğitim faaliyetlerine başlamıştır. 2011 yılında Bakanlar Kurulu kararıyla açılan İletişim Fakültesi ve Biga Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, 2012 yılında açılan Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Çan Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu ve Çanakkale merkezde açılan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ile 2013'te kurulan Çanakkale Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi de üniversitenin akademik yapısına dahil edilmiştir.
Günümüzde Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 18 fakülte, 13 meslek yüksekokulu, 4 yüksekokul ve 1 enstitü olmak üzere toplam 46 akademik birim ile 41 araştırma merkeziyle geniş bir eğitim yelpazesi sunmaktadır. Üniversite, aklın ve bilimin öncülüğünde, çağdaş, demokratik, özgür düşünceli ve kişisel sorumluluk duyguları gelişmiş, toplumun inanç ve değerlerine saygılı, kültürel ve tarihi değerlerini benimsemiş, uluslararası vizyon sahibi gençler yetiştirmeyi amaç edinmiştir.