Galatasaray Üniversitesi, köklü bir geçmişe sahip olan Galatasaray Lisesi mezunlarının girişimleri sonucunda kurulmuştur. Tarihte ilk kez 1481 yılında Sultan II. Beyazıd tarafından Galata Sarayı adıyla bir Enderun okulu olarak kurulan bu eğitim kurumu, devletin çeşitli yönetim kademelerine memur yetiştirmek amacıyla bugünkü Galatasaray Lisesi’nin bulunduğu yerde eğitime başlamıştır. O dönemde çalışkan ve yetenekli gençler orta dereceli bir okulda eğitildikten sonra yüksek derecedeki Enderun’a gönderilmekteydi. Yatılı bir düzende, çağın gerektirdiği eğitimi veren Galata Sarayı, devlet işlerinin görüldüğü idare merkezi ve yüksek derecede Enderun okulu anlamını taşımaktadır.
Galatasaray, tarih boyunca çeşitli dönemlerde duraklama, gerileme ve atılım süreçleri yaşamıştır. 1838 yılında mevcut bina yeniden inşa edilerek Galata Sarayı, Tıbbiye-i Şahane’ye dönüştürülmüş ve öğretim dili Fransızca olan bu yüksek okuldan ilk Türk kadın ebeler ile sağlık alanında devlete hizmet veren kişiler yetişmiştir. Bu, sivil öğretim alanında batı bilimine yönelişin önemli bir adımı olmuştur. 1868 yılında Sultan Abdülaziz’in emriyle bugünkü Galatasaray’ın üçüncü aşamasını oluşturan Galatasaray Mekteb-i Sultanisi hizmete açılmıştır. Bu okulun kurulmasında büyük çaba sarf edenlerden biri, Tıbbiye-i Şahane’den mezun olan Keçecizade Fuat Paşa, diğeri ise Ali Paşa’dır.
1874 yılında ise Sultan Abdülaziz’in iradesiyle, Galatasaray Mekteb-i Aliye-i Sultanisi çatısı altında, Galatasaray Darülfünun-u Sultani Hukuk Mektebi, Galatasaray Mühendis Mektebi ve Galatasaray Edebiyat Mektebi’nden oluşan üç yüksekokul açılmıştır. Bu yüksekokulların idari örgütü ve ders programları Sorbonne Üniversitesi’ne uygun şekilde yapılmıştır. Özellikle Hukuk Mektebi, günümüzün hukuk fakültelerinin tarihi gelişimi bakımından Batı’daki emsalleri gibi öğretim veren bir okul olmuştur. 1924 yılında, Galatasaray Lisesi adını almış ve o tarihten itibaren bir devlet lisesi statüsünde hizmet vermeye devam etmiştir.
Galatasaray Lisesi mezunlarının üniversite kurma fikri, büyük bir ilgi ve özveri ile hayata geçirilmiştir. 14 Nisan 1992 tarihinde, Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı Turgut Özal ve Fransa Cumhurbaşkanı François Mitterrand’ın katıldığı törenle imzalanan uluslararası anlaşma ile Galatasaray Eğitim Öğretim Kurumu kurulmuştur. Bu kurum, 22 Mayıs 1992 tarih ve 21235 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan kurum statüsüyle resmiyet kazanmıştır. Eğitim-öğretim hayatına 1993 yılı Ekim ayında başlayan Galatasaray Eğitim ve Öğretim Kurumu, kamu tüzel kişiliğine sahip entegre bir eğitim-öğretim kuruluşu olarak faaliyet göstermiştir.
Galatasaray Eğitim Öğretim Kurumu, kuruluşundan 25 ay sonra, 6 Haziran 1994 tarih ve 21952 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 3993 sayılı Kuruluş ve Kadro Kanunu ile üniversite statüsüne geçmiş ve “Galatasaray Üniversitesi” adını almıştır. Üniversite statüsüne geçişle birlikte, Galatasaray Lisesi ve ona bağlı olan Galatasaray İlköğretim Okulu da Rektörlüğe bağlı öğretim birimleri olarak tanımlanmıştır.
Galatasaray Üniversitesi, kuruluşundan itibaren bir kamu tüzel kişiliği olarak devlet üniversitesi statüsünde hizmet vermektedir ve devlet başkanlarının katılımıyla kurulan ilk ve tek yükseköğretim kurumudur. Bugün, köklü geçmişi ve uluslararası işbirlikleriyle Türkiye'nin önde gelen eğitim kurumlarından biri olarak faaliyetlerine devam etmektedir.